近年来，我国医药产业发展十分迅猛，已经成为国家重点扶持的战略性产业。特别是随着医疗制度改革和农村医疗合作制度的推进，我国医药产业进入了快速发展和战略调整的关键时期。通过对我国上市医药公司进行综合财务绩效评价，有助于了解我国医药行业整体经营状况和发展潜力，这是政府决策者和证券市场投资者共同关心的问题。首先，对国内外相关学者关于企业绩效评价和医药企业绩效评价研究情况进行了回顾和综述，分析了我国医药企业的发展现状，同时也对企业现行绩效评价方法做了对比分析。本文以上市医药公司为研究样本，选取了包括反映企业盈利能力、股东获利能力、偿债能力、营运能力、发展能力、现金流量能力等20项财务指标，在此基础上，应用聚类分析和极大相关法对指标进行二次筛选，形成最终的综合评价指标体系。然后’基于筛选后的指标体系，利用MATLAB、SAS等统计软件进行改进的主成分分析、核主成分分析、熵值法、CRITIC法对我国上市医药企业的综合财务绩效评价进行实证分析，并进行综合比较。最后，根据综合财务绩效评价结果，找到各医药公司绩效在行业的相对水平，并针对的提出生物医药公司绩效水平的提升策略。