中国自加入WTO以来，医药行业一直保持着快速的发展状态，近三十年来，中国医药制造业产值增长速度一直高于GDP增速。虽然行业总体规模增长加快，但由于研发要素的稀缺性，研发活动中人力、物力、财力等资源的投入受到自然条件等各种因素的限制，导致中国医药制造业在创新效率方面一直落后于西方发达国家。因此，通过对医药制造业上市公司的效率进行评估，不仅可以了解中国医药企业的研发效率和市场效率现状，而且可以了解医药企业的相对无效率究竟来自生产经营的那个阶段，从而可以提出有针对性的改进措施。　　本文以中国2009-2014年27家医药上市公司为研究对象，使用DEA两阶段模型、DEA超效率模型和Malmquist生产力指数模型来评估上述医药上市公司的创新效率，并把创新效率分为研发效率和市场效率两部分，从动态和静态两个角度对中国医药制造业创新效率状况进行评价。实证结果显示：从静态角度研究发现中国医药制造业2009年至2014年创新效率整体表现不佳，主要原因是中国医药制造业研发效率阶段表现不佳，市场效率阶段表现较好。从动态角度研究发现5个区间中仅有2013-2014年的创新效率值大于1，其余均小于1，综合来看，2009-2014年医药制造业动态效率表现不佳，主要原因是研发效率阶段表现不佳。要提高医药制造业的创新效率，必须加强医药企业的成本控制，不断提高资源的内在价值，最优化利用资源，强化医药制造企业研发创新的主体地位和完善促进创新发展的相关产业配套政策。