目前,熵学理论的发展使得其作为度量组织复杂性研究的一个重要理论工具,广泛的应用于研究组织机构的有序度以及组织的合理性评价等方面。本文将管理熵理论引入部队指挥作战系统,对指挥作战系统进行定性描述,将得到的描述模型转化为数学模型,从而对影响组织结构有序程度和军队战斗力效能的因素定量分析。论文主体是建立部队组织结构的结构熵评价模型和耗散结构评价模型。在结构熵模型中,我们给出了新旧三种组织结构模式,并对这三种组织结构的有序程度进行计算,得出未来国防及军队机构改革会采用“矩阵式组织结构”的结论。在耗散结构模型中,论文把指挥作战系统中的熵流分为正熵和负熵,进而建立正负熵流指标体系,运用熵值法对模型进行计算,指出现有部队指挥作战系统并非耗散结构的结论；并且找到了导致现有部队指挥作战系统正熵偏高和负熵偏低的具体指标,指出当前军队指挥作战系统体制改革的方向和目标。文章最后对结果进行综合分析,就部队指挥作战系统结合当前新军事变革的趋势进行深入探究,综合现实中军队指挥系统的发展现状和未来发展目标进行分析,同时也验证了模型计算结果的正确性,更为我军指挥作战系统的发展提出改进意见,供未来军队建设参考和借鉴。