根据《国家中长期教育改革与发展规划纲要》精神,国家教育体制改革领导小组办公室提出了《进一步落实和扩大高校办学自主权完善高校内部治理结构的意见》,《意见》指出,高校应着力完善内部治理结构,切实保障学术组织独立行使职权,完善校内民主管理和监督机制,健全社会参与监督机制等。学院作为大学内部的学术行政组织,随着我国高等学校管理体制的变化、高等学校规模的扩张,发生重大的变化,承载越来越多的人才培养、科学研究、社会服务的任务,其组织架构亟需改革,功能运行亟需调整。管理重心下移,院系实体化。那么,办好大学,首先就是要办好学院。只有学院得到了切实的发展,学校才能实现真正的进步。因此,学院治理是现代大学治理的中心,而优化学院组织结构是学院实现真正、有效改革的必要途径。高等教育大众化步伐的推进,对学院制进行改革显得格外重要。在我国,高校的学院运行过程中,虽然大学尽可能的扩大了学院的办学自主权,可是还是存在诸多问题,权责不明,权力冲突,效能低下,缺乏活力,等等,这些问题的产生严重阻碍了学院的发展,使得大学也无法实现真正的、实质性的改革。由此可见,学院改革的第一步就是优化学院组织结构,以优化的结构实现高效的管理性能。学院是以学术为主体、政治为核心、行政为支撑、监督为保障的学术组织。本文运用多学科的观点,梳理了学院组织结构的理论基础,设计了学院生态组织结构的框架,同时运用生态学的观点,并借助实证研究法,从政治组织、行政组织、学术组织、学生组织四个方面分析了当前学院中的生态困境。并结合生态学的相关规律和原理,结合当前学院的实际情况,对优化学院组织结构提出了相应的策略。最后结合C大学化学与环境工程学院的个案,运用生态学的相关理论,构建了三维矩阵式的组织结构,对化工学院的组织结构进行了优化和完善。论文在结构上分为五部分:第一章为绪论章节,介绍本研究的背景、意义、研究现状和研究方法,并进行了相关概念的梳理和界定。第二章为理论依据章节,即治理理论和大学学院组织结构的主要观点。通过对两种理论的基本观点的描述和分析,对学院生态组织结构进行了简单的设计和假设,为学院生态组织结构的研究提供方向。第三章为困境剖析章节,运用问卷调查法和深度访谈法,以生态学理论为基本分析工具,以权力配置与运行机理为基本线索分析了我国大学学院中的权力互动机制及其生态困境。第四章为策略方法章节,根据学院组织结构中的生态困境,结合生态学的相关原理,对优化现阶段学院组织结构提出了建议和对策。第五章为改革构想章节,根据化工学院的办学背景、办学特色、师资情况院系发展面临的实际问题,结合生态学的理论视角,提出构建三维矩阵式组织结构以期实现动态平衡、多元发展的改革构想。最后结语部分主要是对全文进行重新整理,得出结论,并指出文章的不足和下一阶段的改进部分和研究重点。