20世纪90年代以来，中国工业化、城市化进程均进入快速推进时期，在经济增长、城市扩张和工业聚集所处的特定阶段，由于家庭承包责任制所处的微观基础和面临的宏观环境所发生的变化，各地开始陆续出现农民自发地通过各种形式进行土地流转.目前在我国绝大多数流转只是农户的个体行动，缺乏一个网络状的服务组织，在流转中介组织尚未形成气候，数量少，结构不完善，不能完全按经济法则运作的情况下，仍需要一定形式的组织对农地流转行为进行合理适度的干预，本文试图探寻农村基层组织这一介于正式和非正式组织之间的基层组织在农地流转活动中的运行机理。本文以此为切入点，通过理论分析与实证研究相结合，理顺农村基层组织对农户农地流转行为的影响机制，并在此基础上提出一些有利于农村基层组织正确引导农地流转的建议， 文章首先试图从一个理论的视角去分析农村基层组织在农地流转过程中的运行机理.在农地流转中，农户、农村基层组织、业主等的关系，具备构成委托代理关系的两个基本条件，农地流转中各主体活动的内在机理其实是一个两级或者多级委托代理关系。尽管农村基层组织并不是完全严格意义上的中间组织，但其具备很多中间组织的特质性状，因此我们可以把它定位为一个在农地流转活动中发挥准中间组织作用的机构.在这个分析的基础上，运用交易成本经济学的经典思想，构建出农村基层组织在农地流转活动中的运行机理：通过影响农地流转活动中的交易成本，从而对农户的行为产生影响，进而对农地流转活动发生作用，农村基层组织在农地流转中具有双重角色特性，和双向结果导向性特征， 在理论分析的基础上，结合对南京市的实地调查，文章对基层组织在农地流转过程的运行机制和影响作用进行了进一步深层次的探讨和具体分析，通过实证研究，我们可以得出以下结论：(1)通过在南京的实地调查，我们可以发现，大部分的农地流转活动都是通过农村基层组织参与完成的，农村基层组织发挥着相当重要的作用，在很大程度上影响着农地流转活动.(2)农村基层组织对于规模不同、流转对象不同的各类农地流转活动类型的影响作用存在较为明显的差异.(3)农村基层组织主要通过影响农户的流转意愿、农地流转的约定价格、流转活动的执行和监督成本以及流转活动的交易半径来对农户农地流转活动发生作用。 根据以上研究，提出相应的政策建议：(1)鼓励农村基层组织参与农地流转的活动，建立相应的激励制度；(2)针对本地小规模农户大力推行土地股份合作制度；(3)建立健全农村基层组织参与农地流转机制。