政府特许经营协议是政府在有限自然资源开发、公共基础设施建设、公共服务提供等领域,通过招标等方式,和公民协商一致,授予其经营某项公共产品或者提供某项公共服务的特许权,而达成的一种典型的行政协议。政府特许经营协议权利义务复杂,履约时间较长,直接关系公众利益。为了及时化解协议争议,防止因争议产生损害公共利益,必须建立系统完善的争议解决机制。2014年修订的《行政诉讼法》在第12条第11项将政府特许经营协议纳入行政诉讼受案范围,从立法层面承认了特许经营协议的行政契约(行政合同、行政协议)性质,初步构建起来了中国的行政协议诉讼救济制度,为政府特许经营协议争议的行政救济指明了大致方向。政府特许经营协议虽然属于行政行为,但我国现行行政复议与诉讼制度,大都是以单方行政行为为基础构建的,部分审理和裁判规则无法直接适用于双方合意性行政行为。政府特许经营行政救济面临的主要问题包括:政府特许经营协议概念缺乏明确界定,政府特许经营协议的范围仍存不确定性;特许经营法律规范位阶较低且缺乏统一性,救济渠道混乱复杂;行政复议的中立性、公开性、专业性难以保证,无法获得特许经营者信任;行政诉讼中传统单方行政诉讼模式难以积极回应双方合意型行政活动,行政行为的普遍性规定是否适用于政府特许经营协议的司法审查仍不明确,原告资格、受案范围、起诉期限、审查标准等也亟待完善;国家赔偿范围过于狭小,国家补偿缺乏统一规范,地区差异较大且存在随意性,如何公正客观的进行损失的评估等。解决政府特许经营协议争议,建立统一规范、公正高效的行政救济机制,首先在行政复议救济上,可以成立专门的行政协议管理委员会,坚持全面审查原则,提高程序透明度;其次,在行政诉讼救济上,应扩大原告资格范围和受案范围,设置特殊的裁判规则,避免有关行政行为裁判规则,不加甄选的适用于特许协议案件,同时拓宽相对人违约下行政机关权利救济途径;再次在行政赔偿和行政补偿中应当适当扩大赔偿与补偿的范围,明确行政补偿的决定机关与义务机关,增加第三方评估等程序,将行政赔偿规范化与制度化;最后,通过检察机关行政公益诉讼的探索完善,监督行政机关依法行政,切实保护特许经营过程中国家利益和社会利益的实现。