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DNA是一种具有众多生理学功能的生物大分子，药物小分子与DNA的相互作用对于实现小分子的药理功能并介导相关生理过程都是非常重要的。本论文选择了具有特定生理学意义的三链DNA和四链DNA作为靶分子，利用液相色谱和质谱技术研究了不同的中草药化学成分与这两种靶分子之间的相互作用。 利用三链DNA修饰的琼脂糖珠和液质联用建立了从中草药提取物中筛选三链DNA结合剂的新方法。首先用四种小分子(甲氧檗因、溴化乙锭、牡荆素和芒柄花素)组成的化合物库对该方法的可行性进行了评价。通过该方法可以直接从色谱图上判断中草药提取物中哪些组分是三链DNA结合剂而哪些组分不是，并可计算得到这些结合剂对三链DNA靶分子的相对亲和强度，同时这些结合剂的结构将会被液质联用鉴定，这是首次建立了可以用于筛选复杂体系中潜在三链DNA结合剂的方法。应用该方法成功地从黄连、黄柏、三颗针、防己和山楂等提取物中筛选出了新的三链DNA结合剂。 利用电喷雾质谱和串联质谱技术系统地研究了6种生物碱类和21种黄酮类中药化学成分单体与平行四链DNA靶分子d[(TGGGGT)4]之间的相互作用。通过一级全扫描的质谱数据，获得了这些中药小分子对四链DNA靶分子的相对结合强度信息，阐明了构效关系；通过串联质谱数据，获得了这些中药小分子与四链DNA靶分子的作用模式信息。首次发现了防己诺林碱和粉防己碱能够选择性结合于四链DNA，也阐述了这些中药小分子与四链DNAd[(TGGGGT)4]的结合模式，即原小檗碱型生物碱可能是通过插入模式作用于四链DNA的，防己诺林碱和粉防己碱可能是通过末端堆积作用于四链DNA的，对于黄酮类中药小分子也是可能通过末端堆积作用于四链DNA的。 本论文充分展示了色谱技术和质谱技术在研究DNA与小分子相互作用领域的应用优势，成功地建立了适合于复杂体系下三链DNA结合剂筛选的应用方法并系统地对中草药提取物中潜在的三链DNA结合剂进行了筛选：系统地对6种生物碱类和21种黄酮类中药化学成分单体与四链DNA的相互作用进行了研究，并获得了构效关系以及作用机理的相关信息。