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由于受到偷猎、人类活动干扰和栖息地破碎化的影响,全世界绿孔雀种群数量在20世纪经历了显著的下降。绿孔雀的保护需要采用就地保护(In situ conservation)和迁地保护(Ex situ conservation)及野化放归重引入相结合的双轨策略。其中,圈养繁殖是恢复绿孔雀种群数量的重要措施。然而绿孔雀可以与蓝孔雀杂交,并产生可育后代,杂交后代与绿孔雀回交多代后在从形态学表型上已经无法区分。因此,为了避免重引入造成基因污染,鉴定杂交种和繁育纯种绿孔雀成为迁地保护研究的重点。针对这一问题,本研究利用COI基因、Cyt b基因以及16个微卫星位点建立一套鉴定纯种绿孔雀(Pavo muticus)的技术流程,并进一步分析纯种绿孔雀的遗传多样性,以期为绿孔雀种群提供遗传管理建议。主要研究结果如下:1.利用COI基因、Cyt b基因序列,基于K2P遗传距离构建的邻接树可以排除母系物种,但Cyt b基因的效果优于COI基因及COI和Cyt b的联合。2.基于16个微卫星位点,利用STRUCTURE(预设初始种群数K=2)和NewHybrids软件进行核基因遗传成分分析。结果显示,通过已知纯种绿孔雀(N=18)、蓝孔雀(N=21)以及杂交种(N=12)参考种群得到其所属组别的遗传成分占比(Qi)的分布范围,以95%的置信度,可以准确鉴别纯种绿孔雀和蓝孔雀。用这一方法,从59只待鉴定个体鉴别出33只纯种绿孔雀。但因为微卫星位点数有限,对进一步深入鉴定更多世代的杂交和回交可靠性不足。3.本研究分析,人工饲养的纯种绿孔雀种群遗传多样性偏低。等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标显示,某农业开发有限公司(LG)的绿孔雀群体的遗传多样性比秦皇岛野生动物园(QG)的群体更丰富。但是两个群体都有显著的杂合子缺失现象,建群个体之间的遗传关系较近,说明两个群体均存在不同程度的近交,且LG群体高于QG群体。因此,建议两个群体应采取遗传管理,遗传距离较远的个体之间优先配对。如有可能,宜尽早开展种源交流。