黄连(Coptis chinensis Franch．)隶属于毛莨科(Ranunculaceae)，黄连属(Coptis)，为多年生草本植物，具有较大的药用价值。野生黄连在重庆主要分布于石柱、巫山、巫溪和黔江等地区，在四川主要分布在成都周边县市和峨眉地区。目前国内外对黄连的研究主要集中在其药用方面，如化学成分、药理及临床等方面。在当前中医药迅速发展的背景下，对野生药用植物资源的需求量与日俱增，黄连也不例外。为保证黄连药用资源的可持续发展，就不得不对野生资源进行居群遗传学等基础研究。本文以黄连为研究对象，对其种子萌发生理及野生居群遗传多样性进行了研究，旨在探讨野生黄连生存现状与渐危的的主要原因。种子萌发生理方面的研究旨在找到打破种子休眠，促进种子萌发的合理方法，为大面积的种植提供理论依据。采用ISSR分子标记技术对黄连居群的遗传多样性研究，探讨野生黄连日益减少的内在原因，从而为其野生资源的保护、药材的道地性和合理开发利用提供科学依据，具体的结果表明： 1)野生黄连种子的含水量约为14.52％，最高吸水率达到24.50％，吸水饱和时间为6 h，种皮透性良好，不可能是制约种子萌发的因素。生活力测定结果显示有生活力的种子占56％，空粒和无生活力种子占44％，其中空粒种子占28％，说明黄连种子中有很大一部分没有发育完全。 2)萌发实验显示：22℃是野生黄连种子较为适宜的萌发温度，发芽率可达到52.9％。5.0mg·L-1的GA3处理后的萌发率提高最为显著，可达71.2％，但是过高浓度(7.5mg·L-1)的GA3则对种子萌发有一定的抑制效应。通过以上实验，可以得出适度的温度(22℃)和GA3浓度(5.0 mg·L-1)可以显著提高发芽率。黄连的种子生活力低，且种子长期处于休眠，可能是导致黄连致危的重要原因之一。应用正交设计实验研究外源植物激素GA3、NAA、6—BA对黄连种子胚率、裂口率、发芽率的影响；结果表明5号处理组合(5.0 mg/L GA3，0.5 mg/L6—BA，2.5 mg/L NAA)能显著提高胚率、裂口率及发芽率，是促进黄连种子后熟与萌发的最优激素组合。并且用50mmol/L Cacl2处理后其效果要明显优于25 mmol/L Cacl2处理后的效果。 3)通过筛选引物并设定影响黄连ISSR—PCR反应诸因子的不同梯度，检测其不同反应体系的扩增效果，分析非特异性条带的产生原因并进行条件优化，建立黄连ISSR—PCR稳定可靠的反应体系。建立了可用于黄连ISSR—PCR分析的最适宜的反应体系：25μL PCR反应体系中，内含10xPCR Buffer2.5μL，1.5 mmol/LMg2+，200μmol/L dNTP，0.3μmol/L，引物，40 ng模板，1.0 UTaq DNA聚合酶。扩增程序为94℃预变性5 min，然后进行35个循环：94℃变性30 s，(据不同引物退火温度)复性60 s，72℃延伸90 s，循环结束后72℃延伸7 min，4℃保存。所建立的ISSR反应体系具有标记位点清晰、反应系统稳定、检测多态性能力强、重复性好等特点。可以较好地应用于黄连的遗传多样性研究。 4)从ISSR的分析结果来看，野生黄连居群间存在着较为丰富的遗传多样性，多态性检出率为67.92％，这表明黄连具有较高的遗传多样性，并且各居群间的遗传多样性明显低于种水平的遗传多样性，最低的为42.35％，最高的为52.21％。黄连7个居群的Neis遗传一致度(I)为0.8321～0.9127，遗传距离(D)为0.0894～0.1846。Neis基因多样性指数(H)范围为0.1619～0.2486，Shannons多态性信息指数范围(I)为0.2647～0.3021。根据Neis遗传分化指数估算的7个居群间的遗传分化系数为0.6815，说明居群间遗传变异占总的基因多样性的68.15％，居群内只占31.85％。遗传分化的分析结果显示出：大量的变异主要存在于居群之间，只有少量的变异存在于居群内部。 5)从群落类型与环境条件的综合状况和遗传多样性的角度来看，引起野生黄连日益减少的原因主要不在遗传上，很主要的原因是人为的干扰破坏。为切实保护好国家保护药用植物黄连，实现其资源的可持续利用：建议在人为活动较强的地区，加大宣传力度，有效控制对黄连的采挖；实行就地或迁地活体保存；利用现有的种质资源库或新建专用的药用植物种质资源库，进行种质的低温保存；在种质资源分布集中的地域，建立黄连自然保护区(点)，禁止破坏性利用，防止各种人为干扰，充分发挥黄连群落的生态和经济效益。