目前,村民自治权作为一项宪法性权力,其良性运行对于我国基层宪政建设具有基础性意义。村民自治权在宪政框架内是权力与权利的复合体即村委会行使的整体性权力和村民享有的个体性权利。本文将村民自治权作为整体性权力看待,在宪政的框架内研究它与乡镇人大权力、行政权力及司法权力之间的关系,从而将村民自治的宪法依据具体到村民自治权的宪法实践。村民自治权的良性运行必须具有目的的正当性,方式的合法性,状态的独立性,失范的可归责性。它是人民主权的重要体现,基层国家权力公正运行的重要推动力和基层权力体系良序化的根本保障。通过对村民自治研究现状的简析,有必要对村民自治权的运行进行宪政审视。这不仅是保障村民自治权良性运行和理顺基层权力关系的需要,而且是中国乡村治理历史的深刻启示。本文重点分析了影响村民自治权良性运行的基层权力关系:乡镇政府对村民自治权不当干预,乡镇人大对村民自治权保障不力,村民自治权与党权难以实现规范化运行以及村民自治权得不到司法权的救济。因此,对与村民自治权相关的基层权力关系进行宪政完善势在必行。本文建议通过构建对乡镇政府的宪政控约机制,村民自治组织对乡镇人大的宪政参与机制,村民自治权的宪政救济机制和实现村民自治权与党权关系宪政化,从而保障村民自治权的良性运行以及村民自治的真正实现。