条斑紫菜PHB基因克隆及生物信息学分析

来源 :辽宁师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zj149099548
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
抗增殖蛋白(prohibitin)最早在哺乳动物中发现,有研究表明,抗增殖蛋白是一种分布广泛且高度保守的蛋白。因其具有抗细胞增殖,参与细胞衰老、凋亡等生物进程等的功能,已经引起研究者的广泛关注。条斑紫菜是我国重要的经济海藻之一,本论文以大型经济海藻为研究材料,克隆抗增殖蛋白基因,并对该基因的表达蛋白进行生物信息学分析。首先,从日本紫菜数据库中获得抗增殖蛋白相关EST序列并进行拼接,得到一条1167bp的抗增殖蛋白基因序列,据此序列设计特异性引物。对条斑紫菜丝状体细胞总RNA进行反转录获得cDNA。以cDNA为模版,采用PCR技术在特异性引物存在下对该序列进行扩增,获得了序列长度为1126bp的DNA片段。经BLAST比对显示该基因片段与其它物种的抗增殖蛋白基因编码的氨基酸序列相似度最高达到83%,并且克隆得到的抗增殖蛋白基因包含一个完整的开放阅读框,长度为894bp。其次,采用生物信息学方法和工具分析预测条斑紫菜抗增殖蛋白相应氨基酸序列的理化性质、结构特征。分析结果显示:克隆得到的抗增殖蛋白基因是一个不稳定的亲水性蛋白,共含有297个氨基酸,分子量为32954.5Da,等电点为6.88。其二级结构中含量最多的元件是α-螺旋,所占比例为56.23%,其余依次是不规则卷曲占24.24%,伸展链占16.16%,β-转角占3.37%。预测结果显示,抗增殖蛋白亚细胞定位于细胞质的可能性为69.6%,其余定位依次是细胞核的可能性17.4%,定位于线粒体的可能性是8.7%,定位于细胞骨架的可能性是4.3%,因此推测其在条斑紫菜细胞质中发挥最为广泛的生物学功能。另外该抗增殖蛋白氨基酸序列中不具有跨膜区域,也不含有信号肽,但位于Ser、Thr和Tyr的氨基酸残基具有潜在的磷酸化修饰位点和多个功能位点。分析不同物种的抗增殖蛋白系统发生关系。在NCBI中经BLAST搜集所获得相似的氨基酸序列共40条,涵盖了哺乳动物、被子植物、两栖动物和真菌等。通过MEGA4.0利用邻接法构建系统发生进化树,结果显示基于该基因氨基酸序列的系统进化树能够将不同物种区分开来,且条斑紫菜与角叉菜等其他藻类的亲缘关系最近。依据上述分析结果,确定所获得的基因片段为条斑紫菜抗增殖蛋白基因,并将其命名为PyPHB。上述研究结果将为藻类中抗增殖蛋白的进一步研究提供重要的理论参考。
其他文献
数值模拟已成为研究水流输沙过程不可或缺的常规工具。挟沙水流数值模拟包含五个要素:控制方程、初始条件(如初始地形)、边界条件、数值计算方法和经验关系式(如物质交换经验
大黄鱼(鲈形目,石首鱼科)是我国的重要海水养殖种类。养殖过程中逐渐凸现的性早熟问题极大地影响了养殖效益和人们对于大黄鱼的认可。深入开展关于鱼类性早熟机理研究,探索其解
新媒体的快速发展,提高了信息传播的广度、速度和精度。同时,随之而来的信息发布失真、西方文化渗透等,深刻影响了社会舆论的形成与传播。院校思想政治教育工作者必须深入研究新媒体的特点,既要将新媒体作为改进院校思想政治教育的重要手段和途径,也要有效防止其为院校教育带来的负面影响,努力推进院校思想政治教育的创新发展。  一新媒体的特点  新媒体是相对于传统媒体(报刊、广播、电视等)而言的,是依托数字技术、网
卵黄蛋白原(vitellogenin, Vg)广泛存在于卵生动物中,是卵黄磷蛋白(vitellin,Vn)的前体蛋白,而Vn则是卵黄蛋白(yolk protein, YP)的主要成分。Vg是一种高分子量的含糖、磷、
十六年光阴,虽未曾见过异域风情,却也随父母走过大大小小的地方,见过雪山,也嗅过茉莉。海天相接之处有我的足迹,巍峨高耸的山峰上亦有我的身影。时光如流水倾泻,我从咿呀学语的婴儿走到了今天。  一是婴儿哭泣/二是学游戏  三是青春物语/四是遇见你  ——致江南  松烟入墨,绣笔一挥,泛黄透香的宣纸上渲染出斑驳老旧的小巷、长满青苔的石板、烟雨朦胧中舒展的柳树、长发素颜的温润女子……带着这些念想,我来到了这
期刊
南海珠江口盆地白云凹陷21Ma时期海平面发生剧烈下降,古珠江逐渐向海延伸,在陆架边缘发育了一套大规模的三角洲进积体。勘探实践表明,该三角洲进积体不仅控制着深海扇的沉积过程,其本身的分流河道及河口坝等砂体也是油气的有利储集体,具有巨大的勘探价值。虽然前人运用地球物理手段(地震和钻测井技术)对该三角洲进行了大量的研究,但受地震分辨率和钻井井位稀疏等条件限制,难以精细刻画和描述砂体的三维形态及砂体间的配
学位
地震发生的时候,莫川正站在一面巨大的镜子面前,像以往一样以一种陌生的目光细细打量自己,从头到脚最后再回到那双眼。巨大的摇晃感随眼而来,还伴随着她的眩晕。刺耳的轰鸣充斥着整栋建筑。她身后有人在逃窜,带着惊恐的尖叫:“快走,发地震了。”楼摇晃的更加剧烈,镜子里的莫川裂成一片一片的。“哗——”镜子碎了,碎成一瓣一瓣的。  地震前几个小时,乃至几天里莫川都在思考着各种死法。她不想死,可是她控制不住這种念头
期刊
本文通过对荣华二采区10
期刊