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目的：了解全国杜仲资源分布现状,建立杜仲SSR-PCR的优化反应体系,利用微卫星分子标记技术对不同产地杜仲遗传多样性及亲缘关系进行研究,同时利用高效液相色谱法对杜仲叶主要活性成分的含量进行了定量分析,探索不同产区杜仲的遗传差异和化学成分含量的差异,为保护杜仲生物多样性,推动杜仲资源可持续发展以及大宗中药材的综合开发利用奠定基础。方法：(1)综合运用单因素筛选法及L16(45)正交试验设计,探讨杜仲SSR分析中PCR反应体系的主要成分对扩增结果的影响,并运用SPSS软件对试验结果进行了分析；(2)对设计的29对EST-SSR引物以及20对己发表的杜仲SSR引物进行筛选,获得的高多态性引物对不同产区杜仲的125个个体进行遗传多样性及亲缘关系分析；采用Agela Technologies PromosilC18(4.6mm×250mm,5μm)色谱柱,以乙腈-0.1%磷酸水为流动相梯度洗脱,检测波长为210nm,以主要活性成分为考察指标,对不同产地杜仲叶主要有效成分差异进行评价。结果：最终确定优化的PCR反应体系为：10×PCR Buffer缓冲液2μL,Taq DNA聚合酶0.5U,Mg2+1.25mmol. L-1, dNTP0.2mmol. L-1,引物0.3μmol.L-1,模板DNA60ng,定容至20μL。各因素水平变化对反应体系影响大小依次为：Mg2+>Taq DNA聚合酶>引物>dNTP>模板DNA。(2)筛选得到的18对引物共扩增出74条清晰带。多态位点百分率为95.95%～78.38%,Nei’s基因多样性为0.3620～0.3114,Shannon’s多态性信息指数为0.5285～0.4550,基因分化系数Gst=0.1149。各项系数均是湖南石门的最大,湖南桑植次之,而陕西略阳的最低。聚类分析表明,湖南石门与桑植之间遗传距离最小,重庆秀山与陕西略阳之间遗传距离最大。(3)不同产地杜仲叶活性成分的含量测定及聚类分析结果表明,贵州遵义和重庆秀山杜仲叶质量最佳。结论：利用优化得到的SSR-PCR体系进行扩增,所得的谱带明亮清晰,稳定性和重现性良好。以此分析杜仲不同居群间亲缘关系和遗传多样性,发现杜仲居群内具有丰富的遗传多样性,而不同群体间的遗传多样性低,居群间存在较大基因流。杜仲叶活性成分含量间的差异体现了不同产区杜仲叶的品质差距,为药材质量的评价及优良种的选育提供了科学依据。