为了提高农村居民健康水平，保障农村居民的基本卫生医疗权利，根据2002年《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》，2003年我国开始建立新型农村合作医疗保险制度（简称“新农合”）试点，随后试点地区不断扩大，截至2008年6月底，新农合已超前完成了实现31个省市全覆盖的目标要求，截止2013年底，全国已有2489个地区实行了新型农村合作医疗制度（以下简称“新农合”），受保障的农民数量超过了8亿人。2003年新农合制度建立以来，覆盖范围迅速扩大，筹资与补偿标准不断提高，一定程度上解决了农民看病贵看病难问题，农民健康水平得到改善，参保者对新型农村合作医疗这项民生工程的满意度较高。而这一成就的取得，与政府财政持续增加的投入密不可分。根据有关统计，2005至2013年间，新农合中央财政补助金额增长了179倍，而新农合的基金支出则从2005年的61.75亿增加到了2013年的2909.2亿元，涨幅达到近50倍。对于这项由政府主导并且在全国农村范围内推行的医疗保险制度，财政资金使用效率很大程度上决定该制度的未来发展。因此，考察新农合在发展过程中的财政投入产出效率，不断完善新农合财政投入机制，保障农村居民获取更便利的基本医疗服务以实现基本公共服务均等化，正是本文的研究题中之义。　　本文首先使用了数据包络分析方法(DEA)对新型农村合作医疗的财政投入产出效率按照不同的产出导向标准进行了分类测算，并通过对效率值分解和各投入变量进行残差分析以寻找影响效率值的影响因素，提出完善新农合制度财政投入机制的建议。然后，本文从效率测算方法的全面性上考虑，使用随机前沿分析方法(SFA)进行了测量，并就新农合财政投入产出效率测量上的适用性进行了分析。研究发现:利用DEA方法按照政策导向和农民受益两种产出选择导向分析得出的技术效率在统计上是相关的，但是二者达到高效率值的时间点并不一致;从动态的角度来看，新农合财政投入产出的技术效率在2004-2011年间总体是呈现上升趋势，但是不同地区趋势变化并不一致，有些地区逐年上升，有些地区经历了暂时的效率下降后逐年上升，表现在技术效率变动曲线上则是部分省份的技术效率曲线呈上升趋势，而其他省份的则是在经历了短暂的下降后转而呈现上升趋势，相应暂时效率下降的原因可以归结为不同地区和不同级次财政之间补贴水平不合理以及医疗卫生人力资源不足;从新农合总技术效率的分解来看，一方面规模效率以政策产出导向的效率评价高于农民受益导向效率评价，总体上均处于较高的水平并呈上升趋势，另一方面，绝大部分省份的纯技术效率呈下降趋势并且要比规模效率低，这表明总体上影响技术效率的消极因素来自于纯技术效率，即财政投入的合理利用上存在缺陷。由于目前测量财政效率主流分析方法主要就是DEA方法或者SFA方法，因此本文从方法完善的角度上考虑在DEA分析的基础上将SFA分析作为补充思路以测量新农合财政投入产出效率，并在合理边界函数设定的前提下将结果与DEA方法得到的结果进行相关性检验，综合分析两种方法得到的数据处理结果和实际情况，发现根据DEA方法得出的结论更符合实际情况，故本文根据DEA方法得出的主要结论，并结合新农合实践过程中的具体问题给出了相应的解决建议，其中一是针对规模效率问题，本文提出提高新农合信息共享水平和中央政府平衡力度，二是为了改善纯技术效率，提出增强基层医疗服务实力和财政支持力度，三是提高技术效率方面，我们提出提高医疗服务市场的竞争性。