随着经济全球化及知识经济的到来,创新已成为一个国家经济可持续发展的不竭动力,如何提高国家创新能力是当前研究的热点和重点。国家创新效率从效率角度衡量了一个国家创新能力的大小,并越来越受到国内外学者的关注。本文选取28个国家在2003-2010年的创新投入及产出数据,进行了国家创新效率及其影响因素的研究。首先,本文将国家创新过程分为技术研发阶段和创新产出阶段,并建立了规模报酬可变情形下的两阶段关联网络DEA模型来测算两个子阶段及创新总过程的创新效率；其次,以所测算的创新效率值为因变量,以国家经济状况、信息通信技术基础、国家教育水平、国家研发及其应用能力、技术吸收能力和国家创新制度环境这6个方面共14个指标为自变量,建立逐步回归模型来研究国家创新效率的影响因素；最后,本文对创新两阶段模型进行扩展,将国家创新过程划分为技术研发阶段、创新产出阶段和创新产出市场化阶段,并建立了三阶段关联网络DEA模型进行总过程及各阶段创新效率的测算。结果表明,不同国家的创新效率存在一定的差异,发达国家的创新产出效率与发展中国家相当,但其基础研发效率及市场化效率都要高于发展中国家。美国、德国等国在研发阶段及市场化阶段都具有极大的优势,而瑞士、荷兰等国的基础研发能力强,但其创新产出效率却受本国经济规模的限制而普遍偏低,中国、南非等新兴发展中国家注重于将科技成果转化为创新产出这一过程,但其市场化效率要略低于创新产出效率,且其基础研发能力极为薄弱。此外,GDP、信息通信技术基础、国家教育水平、技术吸收能力、知识产权保护及国家创业水平都对基础研发阶段、创新产出阶段或创新总过程的创新效率产生了显著的影响。本文最大的创新之处在于将知识密集型服务业也纳入国家创新效率测算体系,并将国家创新过程扩展至三阶段进行测算,为进一步打开国家创新“黑箱”提供一定的借鉴。