中药不良反应的预测与机理研究已经成为当前药物研究中的一个热点，然而目前却没有一种有效的方法能在分子机制上对中药不良反应进行预测并阐明其机理，本文进行的是相关方法论方面的研究。本文选取了8种常见中药单方作为研究对象，以鸦胆子为例子进行深入研究分析。本文采用的不良反应预测方法是通过计算机辅助小分子潜在靶点搜寻的方法，寻找鸦胆子各化学组分对应的不良反应相关蛋白，利用不良反应相关蛋白来预测其对应的不良反应。通过将预测结果与实际文献中报道的不良反应进行对比来评估预测结果的准确性。文献报道的28个实际不良反应中的26个都能通过该方法得到有效预测，预测结果的准确率达92.9％。通过寻找鸦胆子所重点作用代谢路径的网络节点的方法，尝试解释鸦胆子的药效机理。通过对鸦胆子重点作用的64条代谢路径进行分析，发现PIK3CA基因是这些代谢路径的网络节点。PIK3CA基因在癌症发生和迁徙过程中发挥重要作用，鸦胆子抗癌活性，可能与对PIK3CA基因的调控有关。同时发现了鸦胆子的作用靶点中，有24个是和癌症直接关联的蛋白靶点，有利于指导鸦胆子抗癌机理的后续研究及抗癌新药的开发。在对鸦胆子不良反应机理研究是采用代谢路径分析的方法，使用不良反应低血压作为研究对象，通过分析鸦胆子潜在靶点在低血压相关代谢路径中的作用情况，来阐明低血压发生机理。研究发现，肾素血管紧张素系统路径对低血压产生有着重要作用，该路径中的血管紧张素Ⅱ具有提升血压的生物学效应。鸦胆子诱导低血压的产生，主要是通过调控该路径与血管紧张素Ⅱ产生直接相关的蛋白，抑制了血管紧张素Ⅱ的生成导致的。鸦胆子同时也能够对血管加压素受体蛋白产生抑制作用，也与低血压的产生有关。通过本文以鸦胆子为例子的研究，引入了一个在分子机制上预测中药不良反应及进行机理研究的方法，为中药不良反应的研究探索了一条新路。