龋病是危害人类口腔健康最常见的疾病之一。在我国该病患病率较高,且呈上升趋势,因此如何有效地预测和预防该病的发生是我国龋病防治工作的重要课题之一。然而,目前对龋病病因的认识还很局限,安全高效的生物防龋措施进展缓慢。龋病发生在牙体硬组织表面的菌斑微生态环境中,最新的菌斑生态学说认为,牙菌斑中的微生物是人类口腔正常菌群,正常情况下菌丛间的组成处于动态平衡,当这一平衡受到环境变化的扰乱时,口腔微生态失调,具有产酸耐酸特性的潜在致龋菌数量增多或（和）毒力增强,非致龋性菌斑转变为致龋性菌斑,产生大量致病物质,导致龋病的发生。人类口腔中已检出700多种细菌,一半以上尚未能培养,而对于口腔微生物群落组成多样性的研究,多局限于几种已知致龋菌,尚缺乏对牙菌斑生物膜致龋机理的全面性认识。目的：本研究使用人类口腔微生物芯片（The Human Oral Microbe Identification Microarray, HOMIM）从种、系、型水平对高龋和无龋儿童牙菌斑中微生物细菌群类进行检测,比较高龋和无龋儿童牙菌斑微生物的定植情况及数量的多样性改变；并构建口腔细菌系统发育树,了解细菌之间的进化关系,以全面认识菌斑微生物与龋病发生的关系。方法：牙菌斑样本分别取自20名高龋儿童和20名无龋儿童的第一恒磨牙,提取混合菌斑总DNA,进行16S rRNA特异性序列片段PCR扩增,产物经荧光素Cy3-dCTP标记后与基于16SrRNA寡核苷酸探针所制备的HOMIM杂交,专用软件处理数据,使用聚类分析、两独立样本秩和检验及卡方检验等进行统计学分析。利用ClustalX和MEGA软件程序分析所有检出细菌的16S rRNA基因序列,构建口腔细菌系统发育树。结果：（1）高龋组和无龋组各20名受试者第一恒磨牙菌斑样本中共检测到123个微生物种型或类群,分别归属于9个门类,43个属类。高龋组每一个体菌斑样本中微生物种型或类群的数量范围较高：45至79种（中位数为53.5）；无龋组较低：37至69种（中位数为51）,但在本实验样本范围内两组细菌群类多样性无统计学差异。（2）一些细菌在高龋组中的检出率或数量高于无龋组,如链球菌属（Streptococcus australis_ot073、Streptococcus oralis/sp clones C5MLM037/EK048_ot064₇07）、月形单胞菌属（Selenomonas sp clones DS071_ot138）、颗粒链菌属（Granulicatella elegans_ot596）、奈瑟菌属（Neisseria gonorrhoeae/polysaccharea_ot621₇37）、嗜血菌属（Haemophilus sp clone BJ095_ot036、Haemophilus parainfluenzae ot718）（P<0.05）;另有一些细菌在无龋组中的检出率或数量高于高龋组,如Solobacterium菌属（Solobacterium moorei_ot678）、二氧化碳嗜纤维菌属（Capnocytophaga sp clone DS022_ot332、Capnocytophaga sp. oral strain S3_ot337、Capnocytophaga granulose_ot325）（P<0.05）。（3）变异链球菌仅在无龋组中检出1例,乳杆菌仅在高龋组中检出1例,远缘链球菌和唾液链球菌在高龋和无龋组中均无检出。（4）在国内首次基于DNA微阵列实验中检出细菌的16S rRNA基因序列构建较大规模的系统发育树。结论：从生物膜微生态整体结构上认识菌斑微生物与龋病发生的关系,可能人类口腔中存在“核心微生物组”,生物膜中的多种细菌参与了龋病的发生（如月形单胞菌、苛氧颗粒链菌、奈瑟菌、嗜血菌）,可不需要大量变异链球菌、乳杆菌、远缘链球菌等公认致龋菌定植,龋病的发生是生物膜中多种细菌共同作用的结果,支持菌斑微生态学说。系统发育树的构建可作为研究口腔微生物多样性及其亲缘关系的有利工具。