作为一种全新的审计制度,2013年,十一届三中全会《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》中提出了“自然资源资产离任审计”这一观点到现在已经有五年时间了。在这五年里,自然资源资产离任审计彰显的越来越重要,各省市组织审计部门积极开展领导干部自然资源资产离任审计试点项目,主要涉及各市、县、乡三级党委和政府领导干部。但目前在理论层次上,关于自然资源资产离任审计的审计方法等问题上还存在较多争议,这严重影响实践水平的提高,滞后自然资源资产离任审计试点向经常性审计制度发展的进程。如何制定规范、科学、有效的自然资源资产离任审计方法,成为目前亟待解决的问题。针对目前自然资源资产离任审计发展过程中存在的问题,本文以绩效审计“5E”、受托责任及自然资源价值理论三个理论作为理论基础,在回顾自然资源资产离任审计现有国内外研究之后,从以下五个层面选择自然资源资产离任审计指标:经济性、效率性、效果性、公平性、环境性,接着运用期初比较打分法进行数据分析,得出自然资源资产离任审计整体评价体系。接着,本文运用案例分析和定量分析的研究方法,以KF市市长任职期间(2015年-2017年)自然资源资产数据为例,将本文依据现有文献完善的自然资源资产离任审计评价体系加以运行并验证其可行性。笔者对该案例分析结果和评价体系结果进行分析,结果表明,基于绩效审计“5E”理论构建的自然资源资产离任审计评价体系评价出来的结果相对符合客观实际情况,有较强的推广性和可操作性。最后,本文客观指出该评价体系的创新点和局限性,为出台经常性审计制度的工作提供了参考和建议。