柳杉（Cryptomeria）四季常绿,树形优美,材质优良,是良好的用材林树种和园林绿化树种,可分为中国柳杉和日本柳杉两大类群,但二者的起源和分类关系模糊不清,存在较大争议。本文利用自主开发的叶绿体基因组微卫星（cpSSR）标记,分析并确定柳杉在杉科的系统发育地位;对现存柳杉天然林或古树林群体（中国柳杉和日本柳杉）进行谱系地理学研究,分析其遗传多样性和遗传分化水平,了解柳杉种群动态历史,推测其冰期避难所与种群扩散路线。相关研究能为柳杉的分类、资源保护与长期育种提供理论依据。主要研究结果如下:1.中国柳杉cpSSR位点开发基于中国柳杉叶绿体基因组序列,开发得到11个多态性cpSSR位点,实验3个群体共检测到18个单倍型,位点平均多样性指数为0.917,其中位点Cf＿cp＿22的多态性最高。11个位点在中国柳杉4个近缘种中得到有效扩增。2.柳杉在杉科中的系统发育分析杉科8属11个种的系统发育关系结果表明,柳杉在杉科的系统发育地位靠前,11个种可分为2个大的聚类群,柳杉和杉木单独为一个聚类群,杉科其它8个物种为一个聚类群。柳杉和杉木,水松和落羽杉属相互间有较近的亲缘关系。3.柳杉的谱系地理结构东亚地区柳杉具有明显的谱系地理结构。在种的水平,柳杉总遗传多样性（Ht）为0.983,群体内遗传多样性（Hs）为0.859,群体间遗传分化系数RST（0.274）显著大于GST（0.126）。分子方差分析（AMOVA）结果表明,柳杉群体遗传变异主要存在于群体内（59.71%）。21个柳杉群体中共检测到216个单倍型,中国柳杉与日本柳杉间没有共享单倍型存在,私有单倍型的数量明显多于共享单倍型。STRUCTURE与DAPC分析结果一致,中国柳杉和日本柳杉群体分别聚为独立的一支,中国庐山（LS）群体和日本柳杉亲缘关系更近。4.柳杉的种群进化历史根据STRUCTURE结果,将中国柳杉9个群体作为基因库1（pop 1）,中国庐山（LS）群体和日本柳杉群体作为基因库2（pop 2）,DIY ABC分析结果表明,日本群体约在8.48万年前从中国群体中分化出来,各自独立演化。东亚地区柳杉存在两个主要的冰期避难所,一个位于中国中部和东南部,另一个位于日本西南部。