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猪肉肌内脂肪含量(intramuscular fat content,IMF)是一种由多基因控制的数量性状,对养猪产业有非常大的影响,因此可以通过分子育种方法提高猪的肉质。与猪肉质性状相关的基因定位研究已经发展了二十多年了,已有非常多的与肌内脂肪含量相关的候选基因通过基于家系的连锁分析被发现,但是关于中国地方猪的肉质性状的研究还非常少。近几年第二代测序(Next Generation Sequencing,NGS)技术的飞速发展,使基于高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism.SNP)遗传标记的全基因组关联分析(Genome-wide Association Study,GWAS)成为现实。因此,本文以大白猪(?)X民猪(?)构建的资源群的601头F2代个体作为研究对象,利用高通量测序平台对这些个体进行全基因组测序。之后利用SNP和猪的肌内脂肪含量性状进行了全基因组关联分析,目的是定位与猪肌内脂肪含量有关的变异位点和基因,结果如下:(1)对601头F2代猪进行的肌内脂肪含量表型数据进行描述性统计分析,结果显示肌内脂肪含量的分布符合家系群体的分离特征。随后根据Sus scrofa build 10.2版本的参考基因组和一定的过滤标准对这些全基因组序列进行初步分析,获得约26M的SNP;(2)以F2代的全基因组范围内的SNP为遗传标记对这个资源群进行LD连锁分析,用两个位点之间连锁不平衡参数r2降为最大值一半时的距离作为全基因组关联分析的有效连锁距离,距离为20Kb;(3)进行GWAS分析并对结果注释,结果显示与猪肉肌内脂肪含量呈显著相关的SNP数量为6833个。3号和12号染色体上各有一个131Kb与10M的区间。12号染色体上区间内部的MYH1、MYH2、MYH3、MYH4、MYOCD、MED31这几个基因与肌肉运动以及脂质代谢有关。PU.1、EBF1、USF1三个motif内部也存在了极显著相关的SNP,其功能与脂肪细胞分化与脂质代谢有关;(4)选取与猪肉肌内脂肪含量相关性P值峰值区(P<le-32)域的SNP,对这些SNP进行单倍型分析并构建单倍型块。然后利用单倍型块与肌内脂肪含量性状进行单倍型关联分析,发现单倍型块1和单倍型块2中各有两个单倍型与肌内脂肪含量呈显著相关,其中单倍型块2包含了 468Kb的区间,这个区间内包含了 4个基因分别是MYH、MYH2、MYH3、MYH4,其功能与肌肉纤维组成以及肌肉运动有关。综上所有分析结果,MYH家族和MED31、MYOCD基因可以作为改良猪肉肌内脂肪含量的重要候选基因,PU.1、EBF1、USF1三个motif可以作为改良猪肉肌内脂肪含量的候选位点。