超微型浮游藻类是指粒径小于3μm的微型浮游植物，广泛分布于海洋和淡水生态系统中，作为水生态系统中的重要初级生产者，对水体的物质循环和能量流动起着重要作用。抚仙湖是中国的高原深水贫营养湖泊。本研究分别于2015年四季（3月、7月、9月、12月）和2016年7月对抚仙湖进行了野外调查采样，通过流式细胞仪计数，揭示抚仙湖超微蓝藻和超微真核藻细胞丰度时空分布特征，结合流式细胞仪分选和高通量测序阐明超微藻遗传多样性。通过相关分析揭示影响抚仙湖超微藻丰度和群落结构组成的关键环境因子。主要结果如下:　　1.抚仙湖超微藻丰度存在显著的季节差异(p＜0.05)。在数量上表现为:夏季＜冬季＜秋季＜春季，全年平均值为1.76×104cells mL-1，远低于富营养化湖泊太湖、巢湖超微藻丰度。超微蓝藻和超微真核藻丰度的季节变化趋势基本一致。抚仙湖超微藻叶绿素a浓度和初级生产力对总浮游藻类和总初级生产力的平均贡献分别为47.4％和64.0％。相关分析结果表明，超微藻丰度与水体中细菌和异养鞭毛虫的丰度显著正相关(p＜0.01)。pH是影响超微藻丰度季节变化的关键环境因子。　　2.抚仙湖超微藻丰度存在显著的空间差异。超微藻丰度在水平方向上呈现出南高北低，沿岸带高于湖心区的格局。垂直方向上，超微藻丰度在水深10m处达到最大值，从水深40m处开始，超微藻丰度呈下降的趋势。相关分析的结果显示，营养盐浓度是影响超微藻丰度水平分布的重要环境因子;水下光环境和温跃层的存在是影响超微藻丰度垂直分布差异的关键环境因子。　　3.高通量测序结果表明，超微蓝藻以聚球藻为主，另外还有原绿球藻、拟色球藻属和单细胞的微囊藻属。抚仙湖超微真核藻主要分布在绿藻门、不等鞭毛类、囊泡虫类、隐藻门、定鞭藻门等，且绿藻门的超微型真核藻多样性最高。春季绿藻门占优势;夏、秋季不等鞭毛藻占优势，同时秋季绿藻门比例也相对较高;冬季囊泡虫和不等鞭毛藻占优势。抚仙湖北部湖区超微真核藻群落组成多样性高于南部湖心，北部湖心表层水体中超微真核藻优势类群为不等鞭毛藻和囊泡虫类，20-60m深的优势类群为不等鞭毛藻和绿藻门，100m以下的优势类群是不等鞭毛藻中的硅鞭藻纲和金藻纲;南部湖心区超微真核藻的群落结构在不同深度差异较小，主要以金藻纲为优势类群。RDA分析结果显示，不同季节影响超微真核藻群落结构变化的关键因子是不同的。金藻纲与环境因子间的相关性很小，基本不受环境因子变化的影响。分选样品测序的结果中发现了许多异养微生物序列（异养细菌、真菌、鞭毛虫、纤毛虫等），它们与超微藻存在寄生、共生或捕食的关系。