随着我国城镇化进程的推进,占用耕地加剧,破坏耕地行为频频发生,保护耕地迫在眉睫,面对日益凸显的耕地保护难题,农民耕地保护协会应运而生。这种由农民自发形成的非盈利性组织,对保护耕地具有重要作用。当前农民耕地保护协会运行还面临许多问题,不能充分发挥效应,未形成完善的协会运行机制。通过对国内外耕地保护研究现状的研究,综合我国农民耕地保护协会发展状态,进行实地走访调研,分析运行中存在的主要问题,探索适合我国国情的农民耕地保护协会运行机制,为协会的有效运行提供参考。本研究选取湖南省隆回县为调研区域,采用实地调研法以实地访谈的方式,对11家农民耕地保护协会内部运行机制进行详细考察,获取相关资料和数据,然后采取定性与定量相结合的描述性统计和相关性分析法、比较分析法对农民耕地保护协会具体的运作过程进行系统分析、发现问题。在此基础上,针对主要问题构建了农民耕地保护协会运行机制。研究结果表明,针对农民耕地保护协会在发展中面临的诸多阻碍,提出了当前农民耕地保护协会运行需要完善的机制包括：一是明晰耕地产权、规定农民保护耕地权利和义务以及设立耕地保护专项资金,建立协会会员主体护地意识机制；二是明确协会性质、规定具体职能、优化人员分工,构建畅通职能运行机制；三是建立耕地保护协会审批部门、简化审批程序、缩短审批时限,简化协会注册机制；四是加强指导培训、完善人事管理,建立人事运行机制；五是提供资金支持、健全财务管理,构建财务管理机制：六是保障承包农户权益、建立流转价格标准等具体操作方面,构建协会护地效益机制。通过建立与完善这些机制,可以从各方面解决困扰耕地保护协会发展的难题,让农民耕地保护协会能够可持续发展,发挥应有的作用。