芽囊原虫是一种常见的人兽共患肠道寄生虫,其致病性尚存在争议。目前已在家畜、伴侣动物和圈养野生动物发现芽囊原虫,其流行的亚型（Subtype,ST）及基因特征有所差异;芽囊原虫对宿主的肠道菌群及适应性免疫反应的影响也缺乏系统的研究。本试验首先调查了四川省部分圈养野生动物芽囊原虫的感染情况,再进一步探究了感染的亚型特征、宿主分布以及遗传进化关系。其次通过研究一个特定的亚型（ST4）,ST4是感染人和动物最常见的亚型之一,揭示了ST4定植对宿主肠道菌群和适应性免疫反应的影响。最后通过构建实验性结肠炎模型,观察ST4在实验诱导的小鼠结肠炎中的作用,并揭示了其可能的作用机制。论文主要研究内容如下:首先,收集了四川省内588份圈养野生动物粪便样品,通过扩增芽囊原虫的SSU r RNA基因,运用Clustal X和MEGA 6对阳性序列进行聚类和遗传进化分析。结果表明四川省部分圈养野生动物芽囊原虫的阳性率为14.5%（85/588）,共发现9个不同的亚型,包括6个人兽共患亚型（ST1-5和ST8）以及三个宿主特异性亚型（ST10、ST14和ST17）。多位点序列分型显示其不同亚型具有基因多态性,遗传进化分析进一步揭示了本试验鉴定的亚型与人类的分离株聚在同一分支,说明其具有人兽共患潜力。其次,建立芽囊原虫经口感染小鼠的实验模型,记录小鼠每日的体重变化及疾病活动指数（Disease activity index,DAI）,对小鼠的肠道组织进行组织病理学检查,收集小鼠粪便进行扩增子测序;使用流式细胞术对辅助性T细胞（T helper,Th）:Th1,Th2,Th17和Treg细胞分泌的特征细胞因子进行检测。结果发现,ST4感染健康小鼠未引起任何组织病理学损伤;ST4在小鼠肠道定植可以增加肠道菌群的多样性及Clostridia vadin BB60 group的丰度;此外,ST4定植可以激活结肠黏膜Th2分泌的细胞因子白细胞介素5（Interleukin 5,IL-5）和IL-13,以及激活Treg分泌的抗炎细胞因子IL-10。最后,通过建立结肠炎模型,观察ST4定植对实验诱导的结肠炎小鼠的影响。结果表明,ST4定植可以改善小鼠的结肠炎症。ST4定植组的小鼠结肠长度显著高于对照组,且结肠组织的病理学评分也显著低于对照组。进一步研究发现ST4定植可以减少肠道Escherichia-Shigella和Bacteroides的丰度。通过流式细胞术分析结肠黏膜的细胞因子发现ST4定植能增加Th2细胞产生的IL-4、IL5和IL-13,和Treg细胞产生的抗炎细胞因子IL-10。综上所述,本试验对四川省部分圈养野生动物进行芽囊原虫亚型鉴定和遗传进化分析,揭示了芽囊原虫亚型的多态性和人兽共患潜力。芽囊原虫ST4可在健康小鼠的肠道内无症状定植,且有益于小鼠的肠道微生物菌群和免疫稳态的维持。芽囊原虫ST4在实验性结肠炎的模型小鼠肠道内定植有助于其肠道炎症症状的缓解,主要机制是通过减少致病菌的丰度和激活宿主的Th2和Treg细胞分泌相关的抗炎细胞因子,以此来促进实验小鼠的结肠炎恢复。