五趾跳鼠（Allactaga sibirica）是我国分布最广的一种跳鼠,分布区能扩展到草原、荒漠、戈壁,甚至在青藏高原可分布至海拔4000 m以上。为探讨五趾跳鼠在转录水平上对高低海拔环境适应性的变化,本文以分布在青海省果洛藏族自治州玛多县（海拔4229 m,为高海拔实验组）和河北省涿鹿县（海拔498 m,为低海拔对照组）的五趾跳鼠为研究对象,各采集研究样本12只,并对其心、肺、肾三个组织进行转录组测序,筛选差异表达基因,对差异表达基因进行GO、KEGG以及蛋白互作网络分析。主要结果如下:（1）比较转录组学筛选出了不同海拔高度下五趾跳鼠心脏、肺、肾脏组织的差异表达基因。其中,肺组织获得1734个差异表达基因,肾脏组织获得1445个差异表达基因,心脏组织获得1225个差异表达基因。可见,肺的mRNA转录差异大于肾和心。说明肺对髙海拔环境更加敏感,经过长期的生存适应,表现出最多的差异基因。（2）心脏组织转录组数据GO以及KEGG功能富集分析发现:心脏组织中上调基因显著富集于与脂质代谢相关通路,下调基因特异性地富集在与线粒体相关氧化磷酸化通路上,说明在高原适应的过程中,心脏组织中脂类代谢可能是高海拔五趾跳鼠适应过程中提供能量以及应对高原慢性冷胁迫的优化策略。（3）五趾跳鼠肺组织转录组数据GO以及KEGG功能富集分析发现:肺组织上调基因主要富集在与氧化还原、血红素、补体及凝血级联等免疫相关的功能通路上,下调基因则主要富集与疾病相关的通路上,说明高海拔五趾跳鼠在肺中通过氧化还原、血红素等途径与氧气结合,保持肺部通气。其次,高海拔五趾跳鼠免疫系统更加活跃,这些变化将有助于抵抗感染和疾病,以及帮助机体防御和修复低气压缺氧、强辐射、寒冷造成的损伤。（4）五趾跳鼠肾脏组织转录组数据GO以及KEGG功能富集分析发现:肾脏组织中同样与脂肪酸代谢、免疫相关途径显著上调,与线粒体相关显著下调,花生四烯酸、谷胱甘肽、类固醇途径显著富集,说明,肾脏通过上调以上途径及组分帮助高海拔五趾跳鼠适应高原低氧、低温环境,维持体内稳态。（5）三个组织差异表达基因蛋白互作分析获得关键基因,分别为心脏:OASL、MRPS7、RPS3A、RPS9、RANBP2;肺:ALB、APOB、F2、FGA、APOA4;肾脏:ISG15、FN1、OASL、IFIT3、RPL19,其可能为高海拔五趾跳鼠高原环境适应相关的重要核心基因。