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随着知识经济和全球一体化的深入，高新技术企业的生存和竞争将更加激烈。建立一套及时、准确、科学的战略性绩效评价系统对高新技术企业的成功至关重要。本文系统研究高新技术企业的发展特点，分析传统绩效评价体系在高新技术企业应用中的局限性，深入探讨影响高新技术企业绩效评价的相关影响因素，构建出战略性平衡计分卡绩效评价理论模型；通过描述高新技术企业的使命、愿景，应用战略地图系统阐述了企业战略目标、战略指标、战略目标值、战略行动计划和任务之间的因果逻辑关系，展示了平衡计分卡在高新技术企业绩效评价中的系统应用。在高新技术企业关键成功因素分析的基础上，科学合理的选择和制定高新技术企业战略目标和指标，系统设计财务、客户、内部流程、学习和成长四个层面的指标，运用层次分析法(AHP)确定指标权重，采用企业设定目标值和历史实践数据相结合的方法评价企业绩效，构建具有高新技术企业个体特征的战略性绩效评价系统。