利用mRNA分子上多态性cSNP解析和鉴定含阴道分泌物的混合斑

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wuhaishun
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目的:建立一个能够从混合斑中解析和鉴定阴道分泌物供体的检测体系,该体系通过阴道分泌物特异性表达的m RNA分子上具有多态性的编码SNP(coding SNP,c SNP)位点分型,从不同组织/体液构成的混合斑中解析阴道分泌物组分。方法:采用复合扩增法(Multiplex PCR)和SNa Pshot法检测阴道分泌物(VS)特异性m RNA分子上的c SNP。我们筛选了8个阴道分泌物特异性m RNA基因,共包含18个多态性c SNP位点以及5个常见体液/组织的指示标记(外周血-GYPA-A、月经血-MMP11-C、皮肤-LCE1C-A、精液-PRM2-G、唾液-HTN3-T),构建了一个包含23个SNP的分型体系。首先,从文献中筛选阴道分泌物特异的潜在候选基因,使用Ensembl数据库浏览器依据c SNP筛选原则,筛选检测体系包含的c SNP,加入5个常见体液/组织的指示位点。其次,按照引物设计原则,使用在线工具Primer 3设计引物。再而,将验证筛选后的所有引物纳入复合扩增体系,并对体系进行优化。最后,利用SNa Pshot法结合毛细管电泳平台得到SNP位点的分型结果。对所构建体系的系统有效性进行评估(特异性、灵敏度、同一性),采用美国Promega公司的Power Stats v12软件统计包含群体多态性在内的所有法医学参数。人工构建含有阴道分泌物的各种混合斑,检验所建体系对于混合斑的鉴定能力。结果:成功建立了一种基于阴道分泌物特异性m RNA分子上多态性c SNP分型体系,用于解析和鉴定含阴道分泌物的混合斑。1)在体系特异性验证时,除了月经血中会有不可避免的交叉反应,以及MUC4基因的3个c SNP会在唾液中有一定程度的表达,其余3种体液/组织特异性表现良好;2)检测体系的灵敏度时,在0.08 ng的RNA进入体系后依然可以检测到所有c SNP的完整分型;3)在验证与DNA的同一性时,使用构建好的体系对g DNA上的SNP进行SNa Pshot分型,成功检测到g DNA中的18个SNP,对比阴道分泌物m RNA上的SNP分型结果,确认二者一致:4)在法医学参数方面,本检测体系对80个阴道分泌物样本捐献者进行人群多态性的统计,18个c SNP位点中除了rs62284986位点最小等位基因频率(MAF)小于0.1,其余17个c SNP的多态性较好,MAF均大于0.1。在阴道分泌物特异性基因MUC4、SFTA2、CYP2A6、MYOZ1、FUT6、ESR1、SPINK5和SERPINB13中分别检测到10种、8种、3种、3种、7种、8种、13种和5种组合基因型种类。8个基因的个体识别能力(DP)在0.319(CYP2A6)到0.862(ESR1)的范围之间,体系的联合个体识别能力(CDP)为0.99983。验证体系对混合斑的解析与鉴定能力,人工构建混合斑时阴道分泌物的RNA投入量保持为1ng。1)构建两体液混合斑时,体系能够在阴道分泌物与血液、阴道分泌物与精液和阴道分泌物与皮肤以1:10-1:500的比例混合后均得到阴道分泌物供体的完整分型,以及在阴道分泌物与唾液以1:10-1:400的比例混合后均检测出阴道分泌物供体的完整分型。2)构建多体液混合斑时,模拟混合比例为1:50:50的阴道分泌物-皮肤-月经血的三体液混合斑、混合比例为1:20:20:60的阴道分泌物-皮肤-月经血-血液的四体液混合斑、混合比例为1:20:20:20:40的阴道分泌物-皮肤-月经血-血液-精液的五体液混合斑,以及混合比例为1:10:10:30:30:20的阴道分泌物-皮肤-月经血-血液-精液-唾液六体液混合斑,体系依然可以在不受其他体液干扰的情况下,成功检测到阴道分泌物供体18个c SNP的完整分型。当混合斑中含有除阴道分泌物以外的体液/组织时,体系可以通过检测体液/组织的阳性指示位点信号,提示混合斑中可能存在的体液构成。综上所述,该方法对解析和鉴定含阴道分泌物的混合斑具有良好的特异性和灵敏度,为法医研究体液斑中解析和鉴定阴道分泌物提供了一种简便的方法。结论:经过体系的构建与优化,最终我们使用8个阴道分泌物特异性m RNA分子上18个多态性c SNP位点,以及5种常见组织/体液的阳性指示标记,建立一个含有23个SNP位点的分型检测体系。经群体样本验证后,证明该体系有良好的个人识别能力,为法医实际应用中遇到的可能含有阴道分泌物的混合斑进行组织来源鉴定和供体识别提供新的方法。
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