中国上市公司内部控制相关的制度规范、法律法规等正逐步建立和完善，内部控制的建设要求也在不断加强。在上市公司自愿披露内部控制情况下，逐步发展为部分上市公司被要求强制披露内部控制评价报告并进行内部控制审计。审计在监督体系中起着重要的作用，审计费用是事务所与被审计单位之间的纽带，直接影响着双方的经济利益。传统对审计费用的影响因素研究没有考虑内部控制缺陷这一重点因素，本文在现有的对审计费用产生影响因素的基础上，加上内部控制缺陷要素，应用理论分析和实证研究，不仅研究内部控制缺陷对当期审计费用的影响，并从跨期的角度研究内部控制缺陷的整改与审计费用之间的关系，关注整改所产生的经济效益。　　本文以沪深A股2012-2015年的数据为研究对象，对上市公司内控缺陷、内部控制缺陷整改、审计费用三者之间的关系进行了研究设计和实证检验，并得出相关的结论。首先分析内部控制缺陷与审计费用之间的关系，其次研究内部控制缺陷整改对审计费用的影响，并设计模型进行相关的描述性统计、相关性分析、回归分析。　　首先，发现存在内部控制缺陷会导致审计费用的增加;其次，研究内部控制缺陷对审计费用的影响有时间上的连续性，若第T年存在内部控制缺陷，采取相应的措施进行整改后，第T+1年不存在内部控制缺陷，第T年的控制缺陷也会使得第T+1年审计费用增加;若第T年存在内部控制缺陷，第T+1年、第T+2年不存在内部控制缺陷，第T年的内部控制缺陷对第T+2年审计费用没有显著正相关关系。所以研究表明内部控制缺陷会对后续年度审计费用会产生影响，但是影响程度会逐渐减弱。　　本文的研究从对内部控制缺陷的认定出发，结合上市公司披露内部控制缺陷披露情况、财务报表审计报告、违法违规情况、内部控制审计报告，综合考虑上市公司是否内部控制缺陷，分析内部控制缺陷及其整改与审计费用之间的关系。研究分析不仅拓展了传统的审计定价模型，还启发上市公司重视内部控制制度的建立与完善，防止内部控制缺陷的发生，发现内部控制缺陷要及时进行整改，在上市公司进行内部控制缺陷整改时，合理安排资源，以最大限度减少审计溢价。