长春市是东北“三宝”之一梅花鹿的故乡,梅花鹿也是长春市的特色产业。种源和繁殖是梅花鹿生产中的关键环节,发展养鹿业的中心任务是增加鹿产品的数量和提高质量。数量的增加和品质的提高,都要依赖于种源的质量和繁殖技术的提高才能实现。本研究从两个方面来对双阳梅花鹿的遗传结构进行分析,这将为双阳梅花鹿的现存问题和将来可能发生的问题提供理论基础和方法上的指导,从而为国家和人民财产提供保障。线粒体DNA的Dloop控制区是线粒体中最大的非编码区也是唯一的,Dloop区具有高度变异的特性,因此它已成为研究遗传结构和系统发生关系等领域的十分有力的工具。本研究以吉林省长春市长双鹿业股份有限公司提供的65头梅花鹿群体为研究对象,利用PCR的方法,扩增得到梅花鹿Dloop部分序列并进行测序,针对测序得到的序列利用生物信息学软件进行分析,研究了双阳梅花鹿的遗传结构和现存的问题。该研究群体一共有20种单倍型,由MEGA软件计算得到的简约信息位点对该群体单倍型的进一步细分,共得到14种单倍型,然后利用Network软件构建该群体的中接网络图,根据研究结果表明双阳梅花鹿进化过程中有多种过渡态和多种进化类型,但目前主要以一种单倍型为主,由此下去可能会产生近交衰退的现象,这将为以后的育种工作带来很大的影响。微卫星受选择压力小,能够充分地反应群体分化水平及亲缘关系的远近,因此在动物种群结构研究,谱系分析,个体鉴定,亲缘关系鉴定,遗传疾病诊断,分子进化,连锁作图和标记辅助选择等反面得到了广泛地应用。基于双阳梅花鹿线粒体DNA Dloop控制区的研究结果,为了更好更方便的研究该群体的遗传结构,为以后育种工作中可能出现的问题做及早的准备,本课题同时又本文以梅花鹿基因组DNA样品为材料,经限制性内切酶MboI酶切,电泳回收DNA片段,与MboI连接接头相连接,连接产物与生物素标记的（AC）₁₅微卫星探针变性及退火,再通过链亲和素偶联磁珠亲和捕捉,经吸附,洗涤及洗脱,然后以洗脱产物为模版,以接头为引物进行PCR扩增,将扩增产物回收纯化并与pMD18-T载体相连接,转化大肠杆菌DH5a,构建梅花鹿（AC）n微卫星DNA富集文库,经测序分析表明该文库含重组克隆约为1 380个,其中含有（AC）n微卫星序列的阳性克隆占82.9%。挑选阳性克隆送往上海生工进行测序,测序结果显示395条序列含有微卫星重复序列。针对测序所得到的序列挑选重复次数大于6的序列利用Primer5软件进行引物设计,共设计得到297对引物,针对所设计的引物进行PCR条件的优化,共筛选得到245对引物其扩增条带单一且没有非特异性扩增。随机筛选50对引物进行多态性检测,本实验采用的是聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法。对位点进行等位基因数,等位基因片段大小范围,观测杂合度等指标的初步评价表明,47个位点具有良好的多态性。这些微卫星经过系统的遗传特征测试后,将为下一步进行梅花鹿基因组结构的分析、传连锁图谱的构建、分子进化和系统发育研究、标记辅助选择以及经济性状的QTL定位等提供大量的微卫星标记,并将应用到双阳梅花鹿的遗传育种及疾病防治等工作中。