本研究对新疆高原鳅(鲤形目:鳅科)的线粒体全基因组进行了测序和组装,并结合鳅科其它鱼类进行了系统进化分析。该线粒体基因组长度为16,590 bp,由13个蛋白质基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和2个非编码区组成。总的碱基含量A、T、C、G分别为28.26%、28.49%、25.42%和17.82%。除ND6和ND8 tRNA基因外,其它的编码基因均位于重链。基于线粒体DNA序列和微卫星DNA对采自伊犁河4个群体共112个个体的新疆高原鳅进行了PCR扩增和测序,进而研究其群体遗传结构。结果显示新疆高原鳅群体有高的基因型多样性和中度的核苷酸多样性,同时其遗传多样性也处于中度水平。经测序后,发现179条序列含微卫星位点。最后,设计的PCR引物中有52对成功扩增出对应位点的目的片段,其中8个位点显示出多态性15个位点呈单态。本研究挑选8对荧光标记的微卫星引物对新疆高原鳅个体展开测序研究,等位基因数和多态信息含量(PIC)的变化范围分别为8至25,0.41至0.92。中性检验和不匹配分布分析证实,新疆高原鳅可能经历了较晚的种群扩张。遗传分化分析表明,不同地区的群体间存在显著的遗传分化。分子方差(AMOVA)分析还显示,遗传多样性主要表现在群体间。在本研究中,我们比较了两种DNA标记(四种线粒体DNA,16S,COI,COII和CR)和(微卫星标记)在评估新疆高原鳅的群体结构和遗传多样性时的效率。COII基因所呈现的遗传多样性表明其进化速率比16S,COI和CR基因较低。总之,我们的研究结果表明使用线粒体DNA标记和核DNA标记来分析新疆高原鳅的遗传结构和多样性是非常有效的方法,而线粒体DNA中16S,COI和CR基因以及SSR标记是比线粒体COII基因更好的DNA标记。这项研究对于构建有效的科学计划来保护和长远发展新疆高原鳅的野生资源是必不可少的。