三疣梭子蟹（Portunustrituberculatus）是世界上最广泛的一种捕捞蟹类，具有肉质好、食物链短、生长快、产量较高等优点，具有很高的经济价值。三疣梭子蟹是一种广盐性蟹，在淡水和海水环境中都能够生存。目前，关于广盐性蟹类的渗透调控机理在生理上已有部分研究报道，而分子水平上的研究较少，对三疣梭子蟹渗透调控分子机制相关研究还未见报道。如果能从分子水平上弄清楚这一问题，不仅具有很大的科学价值，而且具有较大的应用价值，也可以为其它甲壳动物提供较好的借鉴。为研究该问题，构建三疣梭子蟹的渗透调控器官——鳃的cDNA文库是其必要前提。而表达序列标签（Expressed Sequence Tags，ESTs）是了解基因组结构、收集基因组信息和发现新基因的一种有效且经济的途径。 本研究以三疣梭子蟹鳃组织为材料，构建其全长cDNA文库；其鳃组织是样本蟹经过不同盐度适应后取得的。通过Trizol Reagent提取总RNA，利用SMART cDNA Library Construction Kit进行cDNA文库构建，连接到pBluescriptⅡSK（+）载体上，转化E.ColiDH-5a宿主菌，库容量为4.05×105，重组率为97％。 从cDNA文库中随机挑选1282个克隆子进行序列测定，得到909条有效EST序列，平均长度为599bp。经CAP3软件组装后，得到485个转录本，包括67个重叠群和418个单拷贝。每个重叠群中EST的数量介于2～197个，以含2个EST的重叠群数目最多（24个），平均为8.38个。重叠群的长度介于293～1356bp，平均长度为796bp。 利用美国国立生物技术信息中心（TheNational Center for Biotechnology Information，NCBI）的蛋白非冗余数据库（non-redundant proteinse quences，nr），对485个转录本进行blastx同源比对分析，发现134个转录本可以找到同源序列，并记录最相似的三条序列。最相似的序列用物种进行分类（取期望值即E-value小于10-3），节肢动物占绝大部分为77％，其中又以甲壳动物居多（49％）；另一种常见的节肢动物昆虫也占了相当大的比例（26％）。 对这些基因产物通过基因本体论（GeneOntology，GO）数据库进行功能分析，发现同源序列功能大致分为7类：抗氧化活性，连接活性，催化活性，调节酶活性，分子传感活性，结构分子活性和其他。三疣梭子蟹鳃cDNA文库的成功构建，为研究该物种的功能基因和蛋白质组学奠定了基础。 此外，本研究采集了我国东海近海三疣梭子蟹4个野生群体（舟山群岛、洞头群岛、定海湾、泉州湾）共139个样品，对其线粒体DNA16SrRNA基因片段进行PCR扩增及序列测定。结果表明：东海近海三疣梭子蟹种群存在着明显的种群分化，福建近海海域的三疣梭子蟹群体（泉州湾和定海湾）遗传多样性水平比浙江近海海域的三疣梭子蟹群体（舟山群岛和洞头群岛）相对较高。