本文运用资源依赖理论的分析框架，将高等学校视为嵌入相互依存社会关系网络当中的社会机构，集中分析研究型大学内部系科财政结构分化现象的来源、机制和特征，运用实际数据检验财政结构分化的决定因素，并讨论分化的效应，从而为大学财政战略的抉择开拓思路，改善对急剧变化的外部控制因素的管理能力，同时为具有不同禀赋的学科提供基本保障。　　本文的主要结论是:(1)在转型社会中，高等学校外部控制因素的构成及其性质发生变化。首要特点是，国家（或者说政府）不再承诺全部财政责任，大学财政的责任转而由国家、社会、高校和高等教育的受益者共同分担，但政府依然是最重要的外部控制因素。(2)大学环境要素构成及其作用机制的变化，为大学克服资源约束，改变与环境资源交换关系的模式和性质提供机会，并获得一定程度的自主性。大学通过组织收入和资源配置的策略调整，提高大学在技术和制度环境中的合法性、安全性和获得广泛支持的程度;在一定程度上履行保障职能的同时，将部分财政压力传递到院系，容许系级财力存在差异，形成系级财政。(3)实证研究显示，学科禀赋和系科与市场接近程度构成系科财政结构分化的最主要决定因素。大学为改善资源约束的性质，在内部资源配置中采用的决策要素有利于对大学市场竞争力和声誉做出贡献的系科。大学中枢管理当局履行保障职能，也存在着内部宏观调控和交叉补贴的现象，但保障不足、机制不灵活。(4)财政分化使大学对社会需求的响应机制更为灵活，弥补了大学保障职能的缺陷，学术研究中的经费导向、教育活动中的就业导向使高校更好地承担了社会责任。由于学科禀赋差异，各类学科学术价值和市场价值组合具有多样性。在组织功能分化不明显、中枢管理当局调控和保障机制贫弱的条件下，组织内部异质性增强，削弱了学校中枢当局和院系的管理能力;对贡献于改善资源约束性质的个人和机构的依赖，使大学中精英主义继续强化，教师忠诚结构发生改变，可能对有利于知识创新的学术生态的巩固产生深远影响。　　本论文主要创新之处在于:(1)对影响大学资源配置效率的内部财政结构分化的特征及其决定因素的分析丰富了高等教育财政和资源配置研究领域的内容，深化了资源依赖理论在非营利组织中的应用。(2)综合运用定量分析与定性分析方法，进行了大量的文献整理和实证研究，扩宽了组织研究的手段和方法。(3)提出了学科禀赋的概念，讨论了学科禀赋与社会需求契合度所决定的市场机会、学科禀赋所内生的价值系统、学校中枢当局提供的资源保障机制与系科财政分化之间的互动关系，在经验现象和基本组织理论之间建立起一个基本的分析框架，尝试进行理论创新。