大豆是重要的油料和粮食作物，是食用油和植物蛋白的主要来源，大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus, SMV)广泛分布于世界及我国各大豆产区，严重危害大豆的产量和质量，并降低其商品价值。本研究针对引起大豆花叶病毒病的一个SMV浙江杭州分离物(SMV-HZ)进行了以下工作：1)观察了SMV-HZ分离物的病毒粒子形态及其引起的寄主细胞组织病变；2)设计引物对，对基因组全序列进行扩增，并测定了其基因组全序列；3)对SMV-HZ基因组核苷酸序列及其推导的氨基酸序列进行了结构和功能分析。研究表明： 1) 选取显症叶片，经戊二醇固定后包埋切片，电镜观察可见略弯曲的长线状病毒粒子，病叶细胞质内可见典型风轮状内含体和卷筒体。 2) 测定了SMV-HZ基因组全序列，其基因组全序列长9588个核苷酸(不包括3’-poly(A)尾)，具有马铃薯Y病毒属基因组的典型特征，为线状单链正性RNA，具有单一的开放式阅读框架。 3) SMV-HZ分离物的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列分析表明，其编码的多聚蛋白可经酶切加工成10个成熟蛋白，从N端到C端分别为P1、HC-Pro、P3、6K1、CI、6K2、NIa-VPg、NIa-Pro、NIb和CP。推测了其酶切位点，认为其识别模式具有马铃薯Y病毒属特异性，均为V-x-x-Q(或E)／(A，S，G或V)，其氨基酸保守基序的位点符合马铃薯Y病毒属成员的保守基序特征。 4) SMV-HZ、G2、G7、N及Y5的基因组序列核苷酸数目几乎相同，仅SMV-Y5较其他株系少3个核苷酸。SMV-HZ与G2、G7、N和Y5的基因组核苷酸全序列同源性分别为93％、93％、94％和96％，编码的多聚蛋白氨基酸序列同源性分别为97％、96％、98％和98％。SMV-HZ与美国G2等株系无论在核苷酸水平还是氨基酸水平都存在着大于90％的同源性，从分子水平证明我国大豆作物中存在与美国株系类似的SMV分离物。 5) SMV-HZ与部分已报道的SMV分离物外壳蛋白氨基酸序列具有很高的同源性，其差异主要发生在N端区域，而核心区域和C端区域则较为保守。依据外壳蛋白氨基酸序列的相似性，揭示了它们之间的分子进化关系，其中，SMV-HZ与ChH2株系的亲缘性最高。 6) 多重序列分析表明SMV G2和G7株系基因组核苷酸序列第405位处多一个G，而在第456位则少一个A，从而导致该区段序列的框架变化，使得其P1蛋白的92～107位氨基酸明显不同于其它17个SMV分离物(包括G7a分离物)。推测可能在G2、G7的P1蛋白序列中存在测序错误。依据P1蛋白氨基酸序列的相似性，对相关病毒分离物也作了系统进化树分析，从分析结果来看，SMV-HZ与SMV-Y5株系的亲缘性最高。对P3蛋白的研究表明该蛋白内存在一个跨膜结构，可能与蚜虫传播有关。 以上结果从分子水平上确证了在浙江杭州地区大豆花叶病由SMV-HZ引起，该病毒分离物的基因组核昔酸全序列的测定对比较我国和国外病毒的起源进化、指导抗病育种、引进抗病品种及筛选种质资源等工作具有重要的指导价值。