香棕(Arenga engleri Becc.)，又名矮桄榔、山棕，是我国原生的桄榔属植物，近年来，由于生境的人为破坏和片断化，我国原生的香棕资源正急剧减少。本文对香棕的自然分布情况及其生境进行了野外调查，并采用ISSR分子标记技术对我国福建省和台湾境内的原生种群，以及福建省厦门、广东省广州和深圳引种的香棕种群，进行了遗传多样性水平及居群遗传结构的研究，并在此基础上，探讨香棕资源的保护策略。另外，采用ITS区域测序的方法，研究了香棕与同属其它8种桄榔属植物分子系统关系。主要结果如下： 采用改良的CTAB法成功地提取了棕榈科桄榔属植物基因组DNA，制备的DNA纯度和质量均较高，适用于ISSR-PCR反应要求。 从100条ISSR引物中筛选出17条引物，对10个天然群体共250个个体进行了扩增分析，17个引物共检测到186个位点，分子量从200bp到2000bp不等，其中184个为多态位点，得出物种水平的多态条带百分率(PPB)为98.92％，Nei的基因多样度(h)为0.3140，Shannon多样性指数(Ⅰ)为0.4778，表明香棕物种内存在较高的遗传多样性，推测香棕适应性强、生境多样和环境选择压力小是其保留丰富遗传多样性的主要原因。丰富的遗传多样性为香棕提供了变异的源泉。 POPGENE分析结果表明：与其他棕榈科植物相比，香棕具有丰富的遗传变异(在物种水平上，PPB=98.92％，He=0.3140；在种群水平上，PPB=70.38％，He=0.2327)。Neis遗传多样性分析表明，各种群间产生了一定程度的遗传分化(Gst=0.2970)。种群间一定程度的遗传分化可能是由生境破坏和基因流障碍(Nm=0.5918)引起。分子方差分析(AMOVA)在总遗传变异中，种群间遗传变异占29.70％，群体内占70.30％，表明种群的遗传变异主要存在于种群内，种群间基因交流相对较少。雌雄异株、繁殖能力强以及福建省内部分种群间频繁的基因交流等特点可能是导致香棕群体间遗传分化较小的原因。UPGMA聚类分析可知，10个香棕种群聚成两大支，一支由福建省7个种群以及广东省的植物园的1个种群构成，另一支由台湾省2个种群构成，推测原因主要是台湾海峡在香棕的花粉和种子的扩散和传播过程中，起到了生殖隔离的作用。 鉴于香棕资源的遗传多样性现状和其相应的种群遗传结构，建议在遗传多样性较高的福建省福州市永泰县坑仔里(YK)、福建省福州市永泰县葛岭镇方广岩(YF)、福建省宁德市霞浦县罗汉溪畔(XL)、福建省福清市灵石林场(FL)种群设立保护点进行就地保护；而对资源破坏较为严重的福建省莆田市仙游县九鲤湖(XJ)、福建省泉州市德化县龙门滩镇白石村(DL)要实行迁地保护。 8种桄榔属植物ITS序列测序的结果表明，利用ITS序列构建的系统树与传统分类方法结论基本相同，大部分分支的支持度较高，表明系统比较稳定。