柑橘多胚现象频发,以致杂交育种后代中多是珠心苗,要获得杂种实生苗殊为不易。因此,很有必要在杂种早期对有性和无性后代进行有效的区分,以提高育种效率,降低培育成本。DNA分子标记是最为有效的有性苗鉴定方法。在本研究中,我们试图依靠单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)分子标记来鉴定珠心苗和有性苗。主要采用了两种SNP标记检测方法：单链构象多态性PCR (Single Strand Conformation Polymorphism PCR, SSCP-PCR)和等位基因特异PCR (Allele Specific PCR)。在本研究中,一共配置了5个杂交组合：即少核默科特×418红桔、少核默科特×兴义大红袍红桔、江津柳橙×兴义大红袍红桔、砂糖桔×兴义大红袍红桔、兴义大红袍红桔×砂糖桔。待杂交果实成熟后取种播种育苗,以作杂种区分试验用材。为寻找可用于杂种区分的SNP标记,我们克隆了418红桔和少核默科特的9个类胡萝卜素合成酶基因。通过分析发现了具有多个SNP位点的基因,即p-胡萝卜素羟化酶(β-carotene hydroxylase, CHX)基因。在CHX基因序列上,杂交亲本418红桔和少核默科特含有不同的SNP,但无法用于Allele Specific PCR引物的设计中,因为SNP位点不合适。用PCR-SSCP的方法可区分开一部分的杂交苗,并不能全部区分开。根据序列分析,认为用Allele Specific PCR的方法可区分开少核默科特和兴义大红袍红桔、兴义大红袍红桔和砂糖桔、江津柳橙和兴义大红袍红桔。