目的：对上海地区手足口病住院患儿临床及分子流行病学进行分析,以了解手足口病患儿临床流行病学特点和肠道病毒的分子流行病学特点；同时探讨重症手足口病危险因素。建立导致手足口病的主要病原体—新型肠道病毒71(EV71)的环介导的逆转录等温扩增(RT-LAMP)快速检测方法。对象和方法：对2009年1月1日～2010年12月31日入住复旦大学附属儿科医院传染科的手足口病患儿临床病例资料进行分析和总结,分析临床流行病学情况；采集该组患儿中437例粪标本,应用RT-PCR方法检测肠道病毒进行病原分析；同时将7株EV71分离株进行全基因组测序及基因树分析,以明确上海地区流行株的基因型别。通过软件分析和人工筛选,获得扩增EV71的引物群,建立RT-LAMP检测体系,并将此技术与常规的RT-PCR方法比较。结果：3208例住院患儿1.一般资料：1期患儿2458例,2期726例,3期危重症24例,包括7例死亡病例。男性2095人(65.3%),女性1113人(34.7%)。男：女为1.8：1。年龄最小2个月10d,最大12岁7个月,中位数年龄2岁1个月,以1-4岁发病率最高,为62.4%。824例(25.7%)患儿为上海市常住户籍人口。2.临床表现：多以皮疹(99.2%)、发热(88.3%)、呕吐(25.4%)、咳嗽(22.5%)、四肢抖动(10.2%)表现为主。四肢抖动及呕吐能提示病情的中枢神经系统受累(2期与1期卡方检验,P<0.05)。3期患儿热峰(39.61±0.46)度,平均热程(5±1.73)d,与2期及1期患儿比较有统计学意义(P<0.05)。37.2%患儿合并呼吸道感染,肝功能损害少见(1.4%)。3.实验室指标：3期患儿血白细胞计数(15.33±8.18)×109/L,血糖(8.63±3.51)mmol/L,与1期及2期比较有统计学意义(P<0.05),而C反应蛋白及脑脊液白细胞计数各期比较无显著差异。14例患儿胸片表现肺水肿。20.3%患儿头颅MRI表现高信号异常,以脑干为主。上海地区爆发的手足口病主要由EV71感染引起,占86.5%；6.9%由CA16感染引起。且发现EV71与CA16共感染现象,共感染率占所有CA16感染的17.6%。根据VP1基因结构区域构建的基因树分析提示在上海地区流行的病毒株为C4基因亚型。而根据全基因组序列构建的基因树提示上海流行株可分为两组,一种可能起源于中国的其他城市,而另一种可能与韩国或马来西亚来源类似。RT-LAMP技术检测手足口病患者临床粪便样品,EV71阳性率为92.6%,比RT-PCR更敏感(73.5%)；两种方法均未检测到假阳性；而RT-LAMP阴性准确率为80%,明显比RT-PCR(22.2%)更可靠。结论：手足口病的流行有一定的区域性及季节性,与家庭经济、卫生条件、性别都有一定的关系。1～4年龄儿童为手足口病高发年龄。四肢抖动、频繁呕吐及高热、发热持续不退都可作为重症危险因素。而外周血白细胞、血糖、影像学检查可作为实验室预警指标。C4亚型是引起上海地区手足口病EV71流行的最主要的亚型,而根据全基因组序列的基因树分析可分为两类。同时发现EV71与CA16的共感染现象。用RT-LAMP技术检测EV71,比常规RT-PCR更敏感,阴性结果比RT-PCR更可靠,而且比常规RT-PCR更易操作、省时,结果判别也更简便。