水稻稻曲病是由稻曲病菌侵染水稻穗部而引起的真菌性病害,常发生于水稻部分谷粒。近些年来,由于杂交品种的大面积推广培育及氮肥的大量使用,稻曲病已经上升为世界范围内水稻的主要病害之一。稻曲病的发生不但造成水稻的大幅减产和稻米品质的下降,而且产生毒素,直接危害人畜健康。以往对稻曲病的研究和报道多集中于对其田间发生情况以及其病原菌侵染循环和防治方面,对其病原菌群体遗传结构的研究仅限于国内局部区域,群体数量也较小,技术路线主要采用的是RAPD技术以及AFLP技术,初步表明稻曲病菌遗传稳定,而对稻曲病菌全国范围内的群体遗传多样性需要进一步研究。本课题在分析稻曲病菌Uv7基因组序列的基础上,通过PCR引物设计、PCR产物测序比较,发现了稻曲病菌基因组中的一段SNP富集的片段,通过对不同地域来源99个菌株该片段序列的分析,对中国稻曲病病原菌的群体遗传结构进行了初步分析。结果分析表明稻曲病菌群体主要由3个大的类群组成,但是3个类群的菌株分布没有明显的地理隔离。为了寻找更多的SNP富集的片段,为稻曲病病原菌的群体遗传分析奠定基础,本研究对来自四川的Uv86进行的基因组分析,并将Uv7和Uv86的基因组进行比对分析,从中找到216,968个SNP位点,其中2Kb区域内所含SNP位点超过100个的片段320个。这些结果暗示着我国的稻曲病菌群体遗传变异较大。