水稻是世界上最重要的粮食作物之一,稻瘟病是水稻三个病害中最严重的一种病害,培育和推广抗稻瘟病品种是防治稻瘟病最经济有效的方法。本研究利用2套来源广泛的水稻核心种质资源分别鉴定了对5个和3个稻瘟病菌株的抗性,筛选抗稻瘟病的种质资源,结合全基因组高密度的基因型解析水稻苗期抗稻瘟病的遗传基础,定位影响水稻抗稻瘟病的主效QTL和候选基因,挖掘重要主效QTL的有利等位基因,为分子育种改良水稻稻瘟病抗性提供种质资源和基因资源。具体结果如下:(1)利用5个强致病力的稻瘟病菌株对一套由447个品种组成的籼粳核心种质资源进行抗性鉴定(实验一),发现种质资源的稻瘟病抗性变异十分丰富,其中籼稻对HLJ13-856的抗性显著高于粳稻,而粳稻对GD00-193的抗性显著高于籼稻;核心种质中筛选到8个籼稻和12个粳稻品种对全部5个菌株均表现为抗病;对GD00-193、GD17-CQ16和HB1708 3个菌株的抗性彼此间都存在显著的正相关。(2)实验一中,利用全基因组关联分析共定位到68个影响抗5个稻瘟病菌株的主效QTL,其中有12个位点同时影响2个或2个以上菌株的抗性,2个QTL在两个亚种中均定位到;从14个位点共挖掘了30个有利等位基因,这些重要主效QTL的有利等位基因可用于分子育种改良水稻稻瘟病抗性。(3)利用3个强致病力的稻瘟病菌株对来自3K种质资源的2274个材料进行抗性鉴定(实验二),同样发现种质资源的稻瘟病抗性变异丰富,粳稻对3个从籼稻区收集的稻瘟病菌株的抗性均显著高于籼稻;共筛选到63个品种抗全部3个菌株;混合群体、籼稻群体和粳稻群体对稻瘟病不同菌株的抗性之间均表现出显著的正相关。(4)实验二中,利用全基因组关联分析共定位到86个抗3个稻瘟病菌株的主效QTL,其中15个QTL在籼、粳两个群体中均定位到,3个QTL在籼、粳和混合群体中定位到,另外还有9个位点同时影响水稻对不同菌株的抗性;利用候选区间关联分析结合单倍型分析共鉴定到7个重要主效QTL的15个候选基因,并挖掘出21个有利等位基因,推断了63个抗病品种在15个候选基因上的抗病单倍型分布,为进一步深入解析水稻抗稻瘟病的分子机理和通过标记辅助聚合不同抗病基因来提高品种的抗性水平和扩大抗谱奠定了基础。