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萝卜(Raphanus sativus L.)在我国是一种重要蔬菜，而且我国的萝卜种质资源也十分丰富。研究萝卜的遗传多样性对于其种质资源的鉴定和辅助育种均具重要意义。分子标记能直接从DNA水平反映种质间的遗传差异，也是揭示生物遗传多样性的有力工具。本研究采用形态标记、SSR和ISSR分子标记，结合聚类分析对44份萝卜种质资源的遗传多样性进行了研究。由于SSR标记是特异引物标记，必须在知道物种DNA序列的前提下才能设计引物进行PCR扩增，所以必须首先完成引物开发。SSR引物开发共获得34对引物，分别包括13对基因组SSR引物和21对EST-SSR引物。24对引物在40份萝卜DNA中共产生54条带，48条具有多态性，多态性带的比率为88.9％。基于相似系数进行UPGMA聚类将40份萝卜材料分为四组。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚类到一起，相似系数较高。从80条ISSR引物中筛选出14条多态性高、重复性好的引物。对44份萝卜材料进行ISSR分析，共扩增出127条带，其中121条为多态性带，多态性带的比率为95.3％。平均每个引物产生9.1条带和8.6条多态性带。聚类分析将44份萝卜材料分为三组。针对两种分子标记的聚类分析结果表明，SSR和ISSR标记都能将供试材料完全区分开，树图分支结构存在明显相似性，但也存在一定差异。Mantel检测发现，这两种标记得到的结果极显著相关。将SSR标记和ISSR标记的结果整合在一起，对40份萝卜种质进行系统聚类分析显示，供试材料分为九组。基于SSR和ISSR的40份材料间的遗传相似系数范围分别O.643～0.929和0.402～0.800，遗传多样性丰富。