高校科技系统效率的评价是一个比较复杂的评价体系,如何真实地反映该系统中各种投入与产出指标在评价体系中发挥的作用,成为解决问题的关键。鉴于此,本文运用DEA方法,以我国29个省区的高校科技系统为研究单位,从横向与纵向两个角度对我国高校的科技系统效率做了了较为客观的评估,并尝试为高校科技系统有关资源配置的问题提出了一些政策建议。分析所依据的数据来源于教育部科技司编写的年度《高等学校科技统计资料汇编》(2001年-2005年),研究所获得主要结果如下:1、横向上来看,2000—2004年间,中国各地区绝大部分高校的科技系统处于DEA非有效的状态,即高校内部科技资源没有得到充分有效的利用,且非DEA有效的高校主要集中在中、西部地区。2、纵向上来看,2000—2004年,中国各地区高校科技系统的资源配置效率总体呈下降趋势,其中技术进步对科技系统的资源配置效率起着很重要的影响。3、造成高校科技系统DEA非有效的原因,是因为在现有的科技投入规模下,产出不足,或在现有的科技产出水平下,投入过剩。因此,对于非DEA有效的地区,如为规模收益递增,可适当加大投入,如为规模收益递减,应稳定现有投入水平,通过调节产出方向和数量,从而达到DEA有效。基于上述结果,笔者认为政府应该逐步建立基于效率的高校科技资源配置机制,引导高校关注科技活动的投入产出效率,而学校自身也要认清自身发展情况,不能一味求大、求全,而是需要合理配置自身科技资源;此外,社会也应本着系统、全局的观点,在东、中、西部合理配置科技资源。