日益严峻的环境形势，促使环境治理方式转变，推动环境治理手段创新。生态补偿制度将激励和约束的机制引入环境保护领域，以综合手段调整生态保护相关各方的环境资源利益，从而内化环境行为的外部性，有利于实现经济发展与环境保护的相协调相融合，成为有效解决环境问题的一项重要环境经济政策，并成为环境法学界研究的热点问题。国外对生态补偿理论研究萌芽于20世纪初，经过20世纪70年代的快速发展，目前已形成一整套成熟的生态补偿理论体系，并且在水源地等领域的生态环境保护上得到有效运用，取得了明显效果。20世纪80年代，我国开始对生态补偿制度进行研究，但一直以来研究内容主要集中在森林资源、矿产资源开发的生态补偿上，对水源保护区等重点生态功能区的生态补偿研究并不多；自2007年起，一些地方进行了水源保护区生态补偿试点实践。为推动我国水源保护区生态补偿依法、有序地实施，有必要对水源保护区生态补偿法律制度进行探察。本文首先对生态补偿内涵进行分析和归纳，并厘清生态补偿与相关概念的区别，在此基础上，阐释水源保护区生态补偿的概念和特征，论述水源保护区生态补偿与水环境保护的关系，分析完善我国水源保护区生态补偿制度的必要性。其次，结合我国目前水源保护区生态补偿实例，从法律角度分析我国水源保护区生态补偿制度存在的缺失和不足，形成对我国水源保护区生态补偿相关配套法律制度需同步建立等现存问题的认识。再次，对国外水源地生态补偿理论进行概括，并对国外水源地生态补偿模式及相关实例进行分析，以此形成对我国经验借鉴和启示，包括补偿模式的选择、法律适用的要求和应重视的制度建设等。最后，从法律层面出发，试从生态补偿法律关系、生态补偿标准、生态补偿范围、生态补偿方式、生态补偿资金来源、生态补偿程序以及建立生态补偿纠纷处理制度的目的、路径、方法等方面，对构建我国水源保护区生态补偿法律制度提出较为具体建议。