近年来,国际社会开始积极推动公海保护区实践的发展和相关法律机制的构建,国家管辖海域外生物多样性（简称BBNJ）国际协定谈判中有关公海保护区的议题也随之展开,公海保护区法律机制的发展将给我国带来极大的挑战。在此背景下,本文结合已有的公海保护区实践研究公海保护区制度与第三方的法律关系问题,将为我国在BBNJ国际协定谈判中就公海保护区问题提供理论支持。本文除绪论外,共分为四章。第一章主要讨论公海保护区的设立问题。从现有的国际法规则来看,设立公海保护区的国际法依据是模糊甚至缺位的,但是现有的国际法规则并未禁止公海保护区的设立。目前国际上建立了四个公海保护区,分别是地中海派拉格斯海洋保护区、东北大西洋公海海洋保护区、南奥克尼群岛南大陆架海洋保护区和罗斯海区域海洋保护区。第二章主要论述了公海保护区制度对公海自由的限制。公海保护区的实际运行必然置于某些国家的管理之下,这无疑损害了非缔约国家的公海自由。但是,就公海保护区的设立目的而言,公海保护区制度的有效施行又依赖于缔约方或区域性组织的管理,对保护区内活动实施保护和管理措施是必然的选择,由此也产生了公海保护区制度与公海自由原则之间的矛盾。公海保护区的保护和监管制度对公海自由的内容和范围进行限制。但是,不可否认的是,公海保护区对公海自由的限制有其合理之处。海洋生物多样性保护问题是全人类共同关切的事项,在全球治理的大背景下,对公海自由的限制似乎成为了必然的趋势。第三章主要探究公海保护区制度能否对第三方产生法律效力?通过分析条约国际法下、国际习惯法下以及客观制度下公海保护区对第三方的效力问题,得出公海保护区制度对第三方不具有法律效力。通过分析地中海重要保护区名单制度以及《鱼类种群协定》相关规定,得出以上两类规则下保护区制度间接约束了第三方,而究其根本,此种间接适用的法律效力仍然是基于第三方的同意。第四章主要分析对我国的启示。公海保护区制度对第三方不具有强制性的法律效力,但是公海保护区制度对第三方有实际影响,一方面,公海保护区制度事实上适用于第三方,规范第三方在保护区内的活动,长此以往,大多数国家的实践发可能展成为国际习惯法,从而使公海保护区对第三产生法律效力。另一方面,基于各国具有保护和保存海洋环境的一般性义务,第三方在公海保护区内的活动理应参照并基于国际合作的义务适当遵守区域内的保护措施。未来我国在参与公海保护区实践时应适当平衡公海自由与公海治理的关系,积极参与公海保护区的设立与规则制定以及与公海保护区利益相关方合作。