不同层次的高校和谐发展，是我国高等教育实现由高等教育大国向高等教育强国转变的重要举措，是高等教育界研究的重要课题。要实现我国由教育大国向教育强国的转变，必须要实现不同层次高等院校的和谐发展，以提升我国高等教育的整体水平，提高我国高等教育的整体质量。实现不同层次高等院校的和谐发展，是我国高等教育事业发展的现实要求和必然选择。 本文首先结合综合高校分层理论，将我国高等院校划分为“985工程”建设高校、具有研究生院的高校、“211工程”建设高校、博士学位授权高校、硕士学位授权高校、一般本科院校、其它院校(高职、高专)；其次，应用系统理论、高等教育投资理论对不同层次高校和谐发展的内涵从不同层次高校数量与布局的和谐、中央和地方政府对不同层次高校的投资比例和谐、不同层次高校学科专业数量和结构的和谐、不同层次高校教育资源配置的和谐、不同层次高校人才培养数量和质量的和谐、不同层次高校科研能力和水平的和谐进行系统构建；再次，通过实证研究方法，从不同层次高校和谐发展内涵的六个方面，分别对不同层次高校和谐发展的现状进行了考察，分析了不同层次高校存在着不同层次高校数量和区域布局问题、高校人才培养规模盲目扩张，人才培养质量不高、经费投入明显不足、高水平大学的引领，示范作用发挥不够，并就其成因从穷国办教育、市场经济的负面影响、高校扩招导致的教育资源不足，人才质量下滑进行分析；最后，针对存在的主要问题及其成因，就不同层次高校布局合理化、适当控制生源数量，提高教育教学质量、建立合理投资体制，保证一流大学与一般高校的和谐发展、充分发挥一流大学的引领作用，促进我国高等教育的全面提升、完善我国高等教育政策，实现一流大学与一般高校的和谐发展提出了相应的对策和建议。