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生物信息学是一门综合运用数学、计算机科学各种工具和方法,来阐明和理解生命科学领域大量数据所包含的生物学意义的学科。中国科学院微生物研究所网络信息中心多年来一直开展生物信息学相关课题研究,在微生物领域乃至更大范围的数据资源的收集、处理方面做出了卓有成效的工作。本课题的研究即来源于我们在信息中心的实践。
通过与所内生物学家的交流和开发生物信息学相关软件的经验,我们总结了生物学家获取信息的一些基本需求:生物学家往往只针对特定的少数物种进行研究,也只对各种数据资源中研究相关的小集合感兴趣。而现在可用的数据资源,不管是文献检索还是序列检索,提供的大都是大而不专的数据,而且这些数据服务都相当分散。
课题研究的系统,整合了包括索引的国际公开数据库和微生物所自建数据库在内的多个优质数据库资源。所整合的数据资源都为用户提供了检索接口,方便用户快速获得与研究课题匹配度高的高质量信息。此外还以WWW-BLAST为例说明了对生物信息学工具的整合。最后,利用系统中整合的包括序列、文献和生物信息学工具在内的多种资源,实现了一个可以综合利用这些资源为系统用户,也就是生物学家提供支持的流程。
课题研究基本实现了预期的目标,实现的系统对生物学家的研究提供了良好的信息辅助,为后来数据资源整合和生物学工具整合相关的研究,也有一定的参考意义。