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随着人类基因组计划的完成,如何对大量序列进行处理成为了目前最重要的研究领域之一.因此,具有高度并行性,自动性,高效率的基因芯片技术应运而生.
基因芯片是生物技术与计算机技术融合的结晶,可以实现对基因数据的大规模检测.它通过在一个微小的固体载体表面固定大量的探针,构建一组微分析单元,来实现对生物分子准确,快速,大信息量的筛选或检测.
探针设计是基因芯片设计中的关键环节.由于探针是基因芯片的基本信息存储单位和基本功能单位,因此探针性能的好坏在很大程度上决定了基因芯片性能的好坏.如何设计好的探针是目前探针设计工具亟待解决的问题.
基于离散种子技术,本文提出基于Bayes推导和Spaced Seed做相似性估计的方法,并且研究了如何选择Spaced Seed使其产生的探针具有较好的性能.本文的主要工作包括:
(1)基于Bayes推导的序列相似性估计方法.
由于DNA序列均由A、T、G、C四种碱基组成,并且每种碱基的分布是存在先验概率的, 那么对于长度为n个碱基的等长序列y1、y2,如果其中m个位置两序列对应碱基相同,m
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