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蓟马科Thripidae隶属于缨翅目Thysanoptera锯尾亚目Terebrantia,是锯尾亚目Terebrantia中最大的一个科。目前全世界有280余个现生属,其中中国已知97属。蓟马科Thripidae中大部分种类分布广泛、食性复杂,且大多为重要的农林经济害虫。本研究基于分子生物学的方法构建了蓟马科Thripidae分子系统发育树,研究了蓟马科Thripidae中各亚科及部分重要属、属团的亲缘关系。重点对蓟马属Thrips分子系统发育进行了研究,分析了蓟马属Thrips部分种间的系统发育关系。该研究对未来整个蓟马科Thripidae及锯尾亚目Terebrantia分子系统发育相关研究的深入具有重要意义和参考价值。本研究基于575bp COⅠ基因序列,以纹蓟马科Aeolothripidae中的黑白纹蓟马Aeolothrips melaleucus(Haliday,1852)和横纹蓟马Aeolothrips fasciatus(Linnaeus,1758)为外群,分别采用贝叶斯法(Bayesian inference)和最大似然法(Maximum likelihood)构建了系统发育树,对蓟马科Thripidae 14属24种的系统发育关系进行了研究。结果显示,棍蓟马亚科Dendrothripinae、针蓟马亚科Panchaetothripinae、绢蓟马亚科Sericothripinae和蓟马亚科Thripinae四个亚科为单系群,并且针蓟马亚科Panchaetothripinae位于整个蓟马科Thripidae的基部,与其他三个亚科(棍蓟马亚科Dendrothripinae、绢蓟马亚科Sericothripinae和蓟马亚科Thripinae)显示为姐妹群关系。蓟马属Thrips、直鬃蓟马属Stenchaetothrips和小头蓟马属Microcephalothrips聚集在一支上,形成蓟马属团Thrips genus-group,支持了蓟马属团Thrips genus-group的单系性,但不支持蓟马属Thrips的单系性。同时本研究还以蓟马属Thrips为重点,分析了其部分种间亲缘关系。以花蓟马属Frankliniella的花蓟马Frankliniella intonsa(Trybom,1895)和西花蓟马Frankliniella occidentalis(Pergande,1895)为外群,以蓟马属Thrips的18种为内群,基于589bp COⅠ基因序列构建了BI树和ML树。其结果显示杜鹃蓟马Thrips andrewsi和褐花蓟马Thrips florum为姐妹群(PP=0.908;BV=90);小鬃蓟马Thrips parvispinus和普通蓟马Thrips vulgatissimus为姐妹群,但支持度较低(PP=0.76;BV=79);褐蓟马Thrips physapus和蒲公英蓟马Thrips trehernei为姐妹群(PP=1;BV=100);八节黄蓟马Thrips flavidulus和黄蓟马Thrips flavus为姐妹群(PP=1;BV=100);唐菖蒲简蓟马Thrips simplex和近裸蓟马Thrips subnudula为姐妹群(PP=0.954;BV=87);色蓟马Thrips coloratus和大蓟马Thrips major为姐妹群(PP=1;BV=97)。分支(唐菖蒲简蓟马Thrips simplex+近裸蓟马Thrips subnudula)和分支(色蓟马Thrips coloratus+大蓟马Thrips major)显示为姐妹群关系,但是支持度并不高(PP=0.78;BV=72)。