川金丝猴（Rhinopithecus roxellanae）是我国I级保护动物,被列为世界濒危物种。由于栖息地的破坏,其数量不断减少。除了建立自然保护区外,动物园圈养也是保护川金丝猴的重要手段之一。然而,川金丝猴被圈养后,其生存环境和饮食结构发生改变,其健康状况和肠道菌群也受到一定的影响。肠道菌群对宿主的营养和健康起到至关重要的作用。野生动物的种群繁殖及保护是目前野生动物学家关注的核心问题,其肠道菌群的研究和利用已成为解决此问题的重要手段之一。本研究利用PCR-DGGE技术、实时荧光定量PCR技术和Illumina HiSeq测序技术对野生和圈养川金丝猴肠道菌群进行研究。2015年12月至2016年2月分别在唐家河国家自然保护区和成都动物园采集野生和圈养川金丝猴粪便样品进行分析。1.PCR-DGGE检测发现,川金丝猴粪便中含有数量较多且种类丰富的细菌菌群。DGGE条带聚类分析和主成分分析（PCA）的结果一致,野生和圈养川金丝猴样品分别聚为两簇,表明其菌群结构和组成存在一定差异。野生川金丝猴样品的香农指数、均匀度和丰富度分别为3.50、0.85和33.14,圈养川金丝猴样品的香农指数、均匀度和丰富度分别为3.37、0.82和29.25。2.实时荧光定量PCR检测发现,川金丝猴粪便样品中的厚壁菌门、瘤胃球菌属、普氏菌属、梭菌类群IV、梭菌类群XIVa和溶纤维丁酸弧菌属为优势菌群,其数量均达到1×108CFU/g。与野生川金丝猴粪便样品相比,圈养川金丝猴粪便样品乳杆菌属的数量显著增加（P<0.05）,肠球菌属和双歧杆菌属的数量极显著增加（P<0.01）,白色瘤胃球菌和肠杆菌科细菌数量极显著减少（P<0.01）。3.Illumina HiSeq高通量测序检测发现,共得到1443525条有效序列,平均每个样品有72176条有效序列。物种注释及分类分析后共得到60925个OTUs,平均每个样品的OTUs为1225个。圈养川金丝猴样品具有较高的Alpha多样性,物种观察指数、赵氏指数、艾斯指数、香农指数和辛普森指数分别为1076±28.84、1271.98±96.95、1241.03±39.34、8.04±0.24和0.99±0.01;野生川金丝猴样品的物种观察指数、赵氏指数、艾斯指数、香农指数和辛普森指数分别为1043.2±26.45、1191.35±45.94、1181.1±40.69、8.00±0.22和0.99±0.00。川金丝猴粪便菌群在门分类水平上厚壁菌门（66.85%-69.51%）和拟杆菌门（16.58%-16.75%）为优势菌门;在属分类水平上,Ruminococcaceae＿UCG-005（9.47%-11.94%）和Christensenellaceae＿R-7＿group（5.51%-7.15%）占优势地位。基于OTUs的韦恩图分析结果显示野生和圈养川金丝猴肠道菌群共享的OTUs为1358个,野生样品特有的OTUs为220个,圈养样品特有的OTUs为232个,表明野生和圈养川金丝猴肠道菌群存在差异。LEf Se分析表明Ruminococcaceae＿UCG＿005是野生和圈养川金丝猴肠道的显著差异物种,且在野生川金丝猴样品中较丰富。而Ruminococcaceae＿UCG＿005的功能和作用还有待进一步研究。结论:1)川金丝猴粪便中含有种类丰富且数量巨大的细菌菌群,厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌群。2)野生和圈养川金丝猴粪便菌群中白色瘤胃球菌、肠杆菌科、肠球菌属、乳杆菌属和双歧杆菌属的数量差异显著。3)野生和圈养川金丝猴肠道菌群的多样性和组成结构存在一定差异,圈养川金丝猴肠道菌群的多样性高于野生川金丝猴,显著差异物种为Ruminococcaceae＿UCG-005。