异质信息网络下环状RNA与疾病关系预测

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环状RNA(circular RNA,circRNA)为一类在生物体内广泛存在的非编码RNA,是RNA领域最新的研究热点,对其生物功能方面的研究探索方兴未艾。目前,尚未有环状RNA与疾病关联关系分析的系统性研究。分析挖掘环状RNA与疾病的关联关系对探索其生物功能乃至临床诊断具有重要意义和参考价值。本文基于环状RNA能吸附细胞内的miRNA、作为miRNA海绵体的生物功能,通过构建环状RNA、miRNA和疾病三者之间的异质信息网络来探索环状RNA与疾病的关联关系。在构建异质信息网络阶段,首先,利用ENCODE数据集和生物网络的无标度特性构建了环状RNA共表达网络;其次,提出了一种探索环状RNA作为miRNA海绵体可能性大小的方法,并据此构建了环状RNA和miRNA的互作网络;此外,利用miRNA靶基因数据库miRTarBase中的数据构建了 miRNA功能相似性网络,并验证了该网络的可靠性;最后,通过数据清理、分析已有数据库和文献中的数据,分别得到了疾病相关miRNA以及人类疾病网络。在构建完异质信息网络后,基于网络中不同的元路径信息,结合路径数path-count和随机游走random-walk两种衡量不同节点相关性程度度量方式,得到了从环状RNA到疾病的24种不同网络拓扑特征。最后,采用不同的机器学习策略,探索环状RNA和疾病二者之间的关联关系,并对不同机器学习方法在此数据集上的效果进行了比较。
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