为研究不同有机碳、有机氮浓度对甲烷功能菌数量变化情况,明确互相之间的相关性,本研究选取长江重庆段干支流作为研究区域,设置李家沱、大溪沟、寸滩、唐家沱以及郭家沱为采样点位,运用高通量测序手法对采样区域内低水位、高水位的水体以及沉积物进行研究,分析三种甲烷功能菌群落结构在不同水位下的变化情况以及与理化指标的相关性。同时为了研究不同有机碳、有机氮浓度条件对甲烷功能菌的影响情况,选取高水位郭家沱点位沉积物进行室内模拟实验,通过荧光定量PCR技术对实验后的沉积物进行研究,分析三种甲烷功能菌数量的变化以及与理化指标的相关性。研究所得结论如下:（1）长江重庆主城段低水位时水体中产甲烷菌优势菌属表现为Methanospirillum,Methanothermobacter,Methansaeta;高水位时表现为Methanobacterium,Methanospirillum,Methanobrevibacter。低水位时沉积物中优势菌属表现为Methanothermobacter,Methanobacterium;高水位中优势菌属表现为Methanothermobacter。好氧甲烷氧化菌（MOB菌）优势菌属变化主要体现在沉积物中,低水位时优势菌属表现为Methylocystis,Methylococcus,unclassified＿f＿Methylocystaceae,unclassified＿f＿Methylococcaceae,高水位时表现为Methylococcus,Methylocystis,unclassified＿f＿Methylocystaceae,Methylosarcina。反硝化厌氧甲烷氧化菌（DAMO菌）优势菌属变化主要体现在水体中,低水位时优势菌属表现为unclassified＿c＿Alphaproteobacteria,unclassified＿p＿Proteobacteria,unclassified＿c＿Betaproteobacteria;高水位时表现为unclassified＿p＿Proteobacteria,unclassified＿c＿Alphaproteobacteria。（2）水体中产甲烷菌细菌群落在低水位时主要与NH4+、CH4呈现正相关性,与NO2-、NO3-、TN呈现负相关性;高水位时主要与CH4呈现正相关性,与NH4+、NO2-表现为负相关性。沉积物中产甲烷菌主要与NH4+、NO3-成负相关性,与NO2-、TN成正相关性。水体中MOB菌细菌群落在低水位时主要与NH4+、NO3-、CH4呈现正相关性,与NO2-呈现负相关性;高水位时主要与NO3-、CH4表现为负相关性,与NO2-、TN表现为正相关性。沉积物中MOB菌主要与NH4+、TN成正相关性,与NO3-为负相关性。水体中DAMO菌细菌群落在低水位时主要与NO2-、TN呈现正相关性,与NH4+、NO3-、CH4呈现负相关性;高水位时主要与NH4+、NO2-、CH4表现为负相关性,与NO3-、TN表现为正相关性。沉积物中DAMO菌主要与NH4+、NO3-表现为正相关性,与NO2-表现为负相关性。（3）在有机碳浓度实验中,水体中分布的氮（N）素主要有NH4+、NO3-、NO2-,其中CH4与NH4+表现为负相关性,与NO3-、NO2-、TN表现为正相关性,并且产甲烷菌数量、MOB菌数量、DAMO菌数量均随着C浓度增加而减少,当有机碳源添加量＞30mg/L时,有机碳对于产甲烷菌数量、MOB菌数量、DAMO菌数量以及水体中CH4浓度无影响。沉积物中产甲烷菌数量、MOB菌、DAMO菌数量互为显著强正相关,且三种菌种均与ρ（C）,TN、有机氮（ON）为强负相关性;MOB菌数量与NO3-强正相关性;DAMO菌数量与NO3-、NO2-强正相关性。（4）在有机氮浓度实验中,水体中分布的N素主要有NO3-、ON,其中CH4与NO3-、ON、TN均表现为负相关性,并且产甲烷菌数量、MOB菌数量、DAMO菌数量均随着N浓度增加而先增后减,当有机氮源添加量＞2mg/L时,有机氮对MOB菌数量无影响。沉积物中产甲烷菌数量、MOB菌数量、DAMO菌数量互为强正相关,并且三种菌种细菌数量都与ρ（N）表现为强正相关性;产甲烷菌数量与NH4+、NO3-为强正相关性,与ON表现为强负相关性;MOB菌数量、DAMO菌数量与NH4+表现为强正相关性。