在统筹城乡发展的背景下，对农村房屋流转制度进行系统的理论研究，具有重要的理论意义和实践价值，既有利于深化农村土地制度改革，又有利于保护农民合法财产权益，实现财产价值，促进社会经济的发展。农村房屋流转问题从来就不是一个纯粹的私法问题。农村房屋流转活动涉及集体所有权、土地和“三农”问题，以至于因农民自治能力较弱而导致国家意志参与其中。在我国，农村房屋流转也可以成为经济法调整的对象。本文的创新点在于摒弃了以往研究单纯从民商法角度对农村房屋流转进行论证的立场，进而将体现国家对社会经济生活进行干预的经济法论证体系纳入到了农村房屋流转制度的研究中。本文对农村房屋流转制度的论证是按照“提出问题－分析问题－解决问题”的思路展开的。在分析了目前我国农村房屋流转法律制度及司法适用中存在的问题之后，给出了完善相关制度的建议。本文在介绍农村房屋流转涉及的相关概念及制度的历史沿革之后，首先对现行相关制度进行梳理，提出现行制度存在的问题，例如农村房屋流转制度滞后于社会发展，农村房屋流转制度层次较低及不明确，限制农村宅基地流转制度对农村房屋流转的负面影响以及登记制度的缺失带来的影响。其次，对农村房屋流转制度进行法学分析，分别从制度本身以及司法适用两个方面来分析。对制度的分析主要结合法理学及经济法学的一般原理，在“房地一体”原则的作用下，从公权与私权的冲突、秩序与正义的冲突以及保障功能与财产价值的冲突三个方面来分析农村房屋流转制度的困境。对司法适用问题的法学分析，主要是从案例着手，分析合同有效和无效的法律依据，然后分别从个人价值、社会价值等方面对其进行衡量。最后，依照公平自愿、国家适度干预的原则来完善农村房屋流转制度。本文在吸纳和批判已有研究的基础之上，综合运用经济法和民商法的理论知识，对农村房屋流转制度进行全面的、系统的论述。在保障农民的合法利益的同时，实现农村房屋的财产价值。