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人类何时，为何以及如何驯化绵羊的?探寻这些问题的答案不仅仅是为了满足人类的好奇，这些问题的解决对于绵羊遗传资源的保护、利用以及了解人类的历史有着重要的参考价值。根据线粒体DNA研究，绵羊由A、B、C三大类群组成(最近发现的D、E两类群由于数量过少有待进一步证实)。目前，GenBank上只收录了绵羊B型线粒体完整序列，A型线粒体DNA只有部分编码区和控制区序列，C型线粒体DNA只有控制区序列。本试验目标之一是获取绵羊A、B、C三类群完整线粒体DNA序列。为此，我们采集了绵羊A、B、C三大类群12份样品，提取线粒体DNA，设计11对引物分段扩增绵羊线粒体DNA，克隆测序。然后利用生物信息学软件对线粒体编码的RNA及蛋白质进行了结构预测，分析类群间碱基替换是否影响线粒体编码基因的功能。之后，利用PALM以及DNA SP软件包检测了线粒体DNA蛋白质编码区是否受达尔文正选择作用。最后，利用线粒体DNA编码区序列计算了各类群的分化时间。为了分析中国绵羊的群体遗传结构以及历史变化规律，我们以实验室积累的线粒体DNA控制区序列为主体，结合从GenBank挖掘的序列，构建了数据集。利用MEGA以邻接法重建了系统进化树：通过PAUP*和ModelTest软件获得最优碱基替代模型，用TREE-PUZZLE软件构建最大似然树；利用Network构建了网络图；利用Arliquin软件包分析了群体扩张情况。通过分析绵羊线粒体DNA，我们得出以下结论：1)绵羊A、B、C型线粒体DNA编码区共有144处碱基变异。在RNA编码区共发现24处碱基变异，RNA二级结构预测表明这些碱基变异不会改变RNA的构象。13个线粒体蛋白质编码基因共检测到8处氨基酸替换。经过多重比对及结构分析，非同义替换不会影响蛋白质功能。2)绵羊mtDNA蛋白质编码区没有受到正选择作用。3)计算了分化时间。A类群为0.21百万年：B类群为0.32百万年；C类群为0.32百万年。绵羊分化时间正好处于更新世大型食草动物物种爆发期。4)发现绵羊三个类群经历过群体扩张，扩张次序依次为B类群、A类群、C类群。核苷酸不配对分析表明绵羊三个类群从很小的群体扩张，三次驯化事件形成了绵羊母系群体。5)发现野生盘羊入侵绵羊。6)证实绵羊存在D类群7)获得绵羊A、C类群mtDNA全序列，重新校正B类群mtDNA序列。结合研究结果，我们从线粒体DNA角度探讨了绵羊品种引进、改良工作，并预测了绵羊外来品种所携带的线粒体DNA不会在改良群体中固定。在第二章我们讨论了绵羊物种形成过程以及类群C的来源。最后，我们对未来的研究工作提出一些建议。