随着我国国际地位的提高，我国在各个领域的高速发展受到越来越多的关注，其中不乏由各高校参与研发的高新技术项目。高校作为我国高层次人才培养、科学研究的重要基地，在我国科研力量的发展中扮演了重要的角色，有越来越多的涉密科研任务由高校的科研团队承担。但我们可以发现由于高校学术氛围相对宽松，人员流动性较强，与军工企业相比，实现涉密科研项目的保密管理存在一定难度。随着科学技术在未来经济发展中占据越发重要的地位，如何通过先进的管理思想和手段提高涉密科研项目的管理水平，尤其是在涉密工作环节的管理，有效防范各种失泄密事件的发生是高校涉密科研项目相关方高度关注和研究的课题。在本文中，首先就高校涉密科研项目的管理现状进行了分析，分析了项目管理思想在涉密科研项目管理中的可行性和必要性 ，之后提出了在高校涉密科研管理中运用项目管理思想的具体思路，并对其中一些体现保密工作环节的知识领域进行了重点分析。项目管理中的WBS作为一个重要的工具，在这一管理模式中起到的重要作用，文章对 WBS 在涉密科研管理中的应用也进行了着重阐述。涉密科研项目管理不仅需要一套科学的管理模式实现保密工作与科研工作的融合统一，同样也需要保密文化作为保障，本文从保密文化的建设，保密宣传教育以及涉密科研人员的补偿激励机制进行了探讨。高校涉密科研管理工作应该作为一个系统工程去设计，而不应该采取“亡羊补牢”式的事后惩罚机制去达成保密工作的效果，转变传统的保密工作部门的工作模式，做到将保密工作充分融入到科研项目的管理中是做好高校涉密科研管理的重要思路。